幼い頃に両親を亡くし、施設で育っためぐみの夢は、パイロットになり地球へ行くこと。今日はその士官学校UFAの入学式だ。だが、そこにテロ集団が乱入し、会場は大パニック!! なにやら大波乱の幕開けだ…!!

入学式早々問題児となってしまっためぐみたち。壊れかけた分校訓練校“さざなみ”で学園生活がスタートするハメに。そこに突然現れた“C級アイドル”柿沼めい。そんな中、突然の事故で“さざなみ”がNUN軍との休戦ラインにワープしてしまい、激しい戦闘に巻き込まれ、訓練でない実戦の現実が彼女たちに迫り来る…!!