幼い頃、絶望の淵にいた直枝理樹は4人の少年少女と出会った。 あれから数年、理樹はリトルバスターズのメンバーとして騒がしくも楽しい日々を過ごしている。 こんな時間がずっと続けばいい。それだけを願っていた。 そんなある日、恭介の思いつきで野球チームを作ることになり、理樹はそのメンバーを探すミッションを始める。 そこで出会った新しいメンバーたち。 みんなで肝試ししたり、女子寮に忍び込んで女装させられたり、人形劇をしたり・・・・・・。 楽しいこともたくさんあったし、それぞれの抱える悩みをみんなに手伝ってもらいながら解決したこともあった。 そして最後は野球の試合。最高の仲間たちとの絆を確認することができた。 ――だが、これで終わりではない。 来ヶ谷唯湖との物語。 理樹と鈴の物語。 そして、理樹と鈴が知ることになる「世界の秘密」。 　 リトルバスターズの本当の物語が、これから始まる――。