12年前、リムガルド王国で起こった事件は大きな謎を残したまま、人々の記憶から忘れ去られようとしていた。時は流れ、ユイとレナの二人姉妹はエナストリア皇国で平穏な日常をおくっていた。そんなある日、1体の巨大メカがエナストリアを襲う。この日を境に少女達は運命の渦へと巻き込まれていくのだった。
埠頭での戦闘の翌日、事件の真相には触れないまま、ユイはエナストリア女皇として記者会見に応える。気丈に振る舞うが、レナの告げた、リムガルド・フォールとの繋がりと今回の事件の真相にユイは戸惑う。レツに励まされ元気を取り戻すが、そんなユイの前に、イングリッドと名乗る謎の女性が現れる。
敵レガリア・ギアを退けたかに見えたアレクト。しかしレナに突如異変がおこり、気を失ってしまう。アレクトに追撃を加えようとするヨハン。そんな中ティシスが現れ、アレクトに斬りかかる。レナがなんとか意識を取り戻すと、ティシスはそれを見て決着をつけず去ってしまう。事件の翌日、祭りの準備で賑わう街でユイとレナはサラとティアと出会う。
2度の事件以降、ユイ達は調査を続けていた。建国記念日を間近に控えたある日、リムガルド王国侍従武官であったアーベルがユイとレナのもとを訪れる。「レナ様の身柄を私に委ねて頂けないでしょうか」 アーベルの提案に対し、レナを渡すことはできないとユイは断固として拒否するが、アーベルはユイにその覚悟を問うのだった。
自分達の弱さと向き合い、皆に支えられていることに気づいたユイとレナ。二人はアーベルにもう一度会うことを決め、ある計画を立てる。悩みながらも自分らしいエナストリア皇国女皇としての在り方を見つけるユイ。そして建国記念日当日、決意を固めたユイとレナはアーベルと再び対峙する。
ひとときの休息を楽しむユイ達のもとに、レガリアを名乗る者から謁見の申し出が舞い込む。ユイ達は申し出に応じ、アフマルガルド共和国大統領タラキの案内のもと、古より聖域と崇め奉られてきた場所へ向かう。そこで多くのレガリアの残骸を目にした一行は、さらに足を進めた先で、エンキのレガリアのロウと契約者のリューと出会う。
佐倉綾音
声の出演
本渡楓
小倉唯
久保ユリカ
瀬戸麻沙美