海洋生物調査船ペペロンチーノ号に乗って幻のヒカリクジラを探す旅を続けているスコットと娘のナナミ、そして船員のアルとシャチのティコ。ある日、サンフランシスコ沖にホオジロザメが現れる・・・。

ナナミたちに助けられたシェリルはペペロンチーノ号に乗せてもらおうとするが、逃げられてしまう。アルとナナミは大量に捕れたカニを売るためにバハマに立ち寄る。

ペペロンチーノ号にシェリルと執事のジェームスが加わり旅を続けるナナミたち。退屈して双眼鏡を眺めていたシェリルは遠くに煙があがっているのを見つける・・・。

ナナミがギャングにさらわれてしまう。ギャング団の幹部メタルクローからナナミと証拠のフィルムを交換するように要求されるが、スコットはギャングの裏をかき、ナナミを救い出す作戦を実行しようとする。

嵐を乗り越えた翌日、ナナミたちは30メートル以上あるシロナガスクジラと出会う。ナナミはシロナガスクジラに刺さっていた調査銛を抜いてあげるが、そこへシロナガスクジラを追跡して調査船がやって来る。