山際悦子 (夏帆) は、同僚の浅川みゆき (岸井ゆきの) から、「家に幽霊がいる」と告白される。みゆきの精神状態を心配した悦子は、夫･辰雄 (染谷将太) の勤める病院の心療内科へみゆきを連れて行く。診察の結果、みゆきは「家族」の《概念》が欠落していることが分かる。待合室で偶然辰雄に会った悦子は、新任の外科医･真壁司郎 (東出昌大) を紹介される。真壁のただならぬ雰囲気に、悦子は強烈な違和感を覚える。

辰雄の様子がおかしくなった原因が真壁にあると確信した悦子は病院を訪れ辰雄を解放してほしいと真壁に訴えるが、辰雄の変調は辰雄自身の心の問題だと突き放される。一方、「侵略者」真壁の《概念》収集の手引きをするガイドにさせられてしまった辰雄は、自責の念を抱きながらも次々と《概念》を奪う相手を真壁に差し出し、とうとう取り返しのつかない事態に巻き込まれる。

真壁の脅威が悦子にも及ぶことを確信した辰雄は、真壁を昏倒させ逃げ帰る。真壁への裏切りにより、手の激痛に苦しむ辰雄を見かねた悦子は、真壁に会ってガイドから解放してもらおうと提案する。病院に向かうとロビーには真壁に一斉に概念を奪われた人々が倒れていた。呆然とする悦子の前に、秘密裡に真壁の動向を監視していた厚労省の西崎 (大杉漣) が現れ、悦子にある依頼を持ちかける。

「侵略者」真壁と直接対話し、人類との共存の道を探ってほしいと厚生労働省の西崎に依頼された悦子は、真壁と直接対峙する。一方、街は《概念》を失った人々であふれ、侵略の予兆か、重力異常による世界的な天候異変が相次ぎ、激しい雨が続いていた。悦子は、辰雄を救えるのか? 人類の命運をかけた戦いが始まる…。