単調な毎日にうんざりしていたレントン。そんなある日、レントンの家に幻のLFOニルヴァーシュが落ちてきた。コクピットから現れたのは、美少女エウレカ。メカニック業を営む彼の祖父の家に、ニルヴァーシュの整備を頼みに来たというのだが。彼女の後に、ゲッコーステイトと塔州連邦空軍のＫＬＦ部隊も現れて……。

ニルヴァーシュを追って現れた塔州連邦空軍。ホランド率いるゲッコーステイトも加わって、空で繰り広げられる激しい攻防戦。エウレカを守るため、レントンもボードで空を飛ぶ。祖父サーストンから手渡されたアミタドライヴをニルヴァーシュに装着した、その瞬間、ニルヴァーシュは光に包まれる。

再会したホランドとサーストン。レントンの知らない話が、二人の間で交わされる。その頃、塔州連邦空軍の圧力によって空港滑走路が閉鎖された。ゲッコーステイトの乗る空船、月光号は逃げ場を失う。月光号救出のため空港へ急ぐホランド。「一緒に行こう」エウレカはレントンを月光号に誘うのだった。

憧れだった月光号に乗ることになったレントン。しかし、そこで理想と現実のギャップに悩まされる。淡々と日々を過ごす彼らは、財政難に苦しんでいたのだ。そんな中、密輸の仕事を任されたレントンは、エウレカとともにニルヴァーシュで目的地へと向かう。しかし、そこには州軍の大規模な演習場があった。

月光号での新しい生活。レントンは、己の居場所を見出そうと頑張るが、やることなすことすべてが裏目にでてしまい、エウレカとの距離も縮まらない。そんな中、タルホが街へ買出しに行く。同行したレントンは、彼女の悩みを垣間見ることに。揺れ動く大人の感情に翻弄されるレントン。そんな中、タルホが街で絡まれて…。

エウレカをママと呼ぶ三人の子どもたち。彼らは、なぜかレントンを目の仇にし、執拗にいたずらを繰り返していた。ところが、そのいたずらが原因で、ついには月光号が窮地に陥る。ピンチを切り抜けようと、子どもたちを乗せてLFOを動かすレントン。そこに、州軍のKLF部隊が現れる。