8年前の北海道、雪の夜、天海夫妻は謎のメカライオンから赤ん坊を託された。時は流れて2005年、東京湾の埋立地に突如として巨大ロボットが出現し新都市に向けて侵攻を開始。図らずも事件に巻き込まれる小学生・天海護。そのとき、メカライオン・ギャレオンが!
瀕死の重傷を負った獅子王凱。GGGは、未完成のフュージョンプログラムがもたらした結果に愕然とする。一方、帰宅した護は、ガオガイガーと巨大ロボットEI-02の戦いの中で発揮された自分の未知の能力に戸惑う。 そんなとき、悪玉レスラーを核にしたEI-03が街に現れる。
護は、GGGベイタワー基地で検査を受けるがその能力の謎は解けない。だが、サイボーグとしての機能不全に苦しむ凱と出会ったとき、護は凱の持つGストーンと共鳴し凱を救うのだった。回復した凱はガオガイガーとして出陣。市街地への被害を防ぐため、新兵器が投入される。
敵ロボットの中心核から人間を救ってきた護。だが、GGGはその核のゾンダーを逃がしてしまう。その頃、護の父の勤める宇宙開発公団はスペースシャトルの打ち上げを控えていた。護の不安が的中。打ち上げられたシャトルには、ゾンダーが潜んでいた。
2体のAIがビーグルマシンに搭載され「氷竜」と「炎竜」と名づけられた。だが、GSライドの制御不全でビーグルロボ形態になれない。そんな折、ゾンダーロボEI-06が出現。ゾンダー出現の予知能力を持つ護だが、遊びに夢中で感知できず、ガイガーの出撃が遅れてしまう。
すぐにケンカをするため同調率が上がらず、シンメトリカルドッキングができない氷竜と炎竜。ケンカをしたまま出撃してしまう。敵の狙いは、ゾンダーロボEI-07の爆発にガオガイガーを巻き込み葬り去ること。後に引けず必殺技を繰り出すガオガイガー。そのとき氷竜と炎竜は!
真殿光昭
Pizza/Soldat J
石井康嗣
Kotaro Taiga
岩田光央
声の出演
江川央生
小林清志