副大統領とともに来日した令嬢のキャサリン (シェリー) は、副大統領の帰国後も生花を習得するため、一人残ることになった。以前より親交のあった東流の小川麻衣子 (二宮さよ子) を求めて京都を訪れたキャサリンに、京都府警の狩矢部長刑事 (藤田まこと) が警護についた。ところがホテルでのレセプションに麻衣子は現れず、キャサリンをガッカリさせる。そのとき、狩矢に麻衣子が毒殺死体で見つかったという連絡が入る…。

京都・円山公園にある坂本龍馬像のそばで芸妓の佐那子が殺されていた。府警の音川と安岡、両刑事が聞き込み開始。その矢先、今度は竜馬遭難碑の近くで舞妓の竜子が、伏見の寺田屋で女将・とせが変死。やがて安岡も高知の桂浜で殺される。

京都府警の音川刑事は15年前、ひき逃げで妻を亡くしていた。 犯人は不明のまま、事件はあと1ヶ月で時効を迎える。いらだつ音川の前に殺人事件が発生。京都の大手水産冷凍会社が出荷したダンボールの中から、若い女の冷凍死体が発見されたのだ。

桂川、宇治川、木曽川の合流地点で男の水死体があがった。 続いて男の妻の死体が琵琶湖で発見された。捜査を担当した音川は、残された記憶喪失の子供を連れて二人の故郷・北海道へと向かう。容疑者として浮かんだ松尾は音川の予科練時代の仲間だった。