某大会、数々の強敵を倒し決勝戦へと駒を進めた天野河リュウセイ。決勝の相手は謎の組織「ビックバン・オーガニゼーション」の総帥にして最強のボーガー「ビッグバン」。そのビッグバンに決勝を前に浴びせられた言葉「今のお前では私には勝てない！」。何が足りないのか悩むリュウセイ。又、ビッグバンの正体は何者なのか。

ボーガー仲間の勝治が突然リュウセイに挑戦状を叩き付けてきた。いつもは冷静な勝治には似合わないその挑発的とも言える行動に戸惑うリュウセイ。残り少ない人生を懸けた勝治の想いをリュウセイに伝える勝治の母親。その熱い想いに応えるためリュウセイは勝治の挑戦を受ける事を決意。静かだが熱い戦いが奇跡を呼ぶ。

近所にオープンしたライバル店の出現により売り上げ激減。閉店の危機に見舞われたケンの店を救う為に立ち上がるリュウセイと勝治。ところがリュウセイが暴走、勝手に店の存続をボーグバトルの試合に賭けてしまった。ところが相手の中華三兄弟はボーグバトルの賞金を開店資金にしていた強者ボーガーだった。店の存続を賭けた三本勝負が始まる。

リュウセイ達の住む町に突然現れた流れ者ボーガー「ジョニー」。次々に町のボーガー達が倒され、ついにリュウセイ達の前に現れ挑戦してきた。ジョニーの正体を調べるべく町の情報屋「ジェニファーの店」に向かうリュウセイ達。そこには意外にもジョニーの過去を知る女が働いていた。ジョニーの目的は何か、過去は。やがて強敵との決戦の日がやってきた。

柄にも無く勉強とボーグバトルの両立について語り合うリュウセイ達。そこにリュウセイの父親・大輝が現れ「両立を目指すなら塾に来てみないか」と言葉をかけた。リュウセイの父親は塾も経営していたのだ。しかしその正体は塾生達を各界の中枢に送り込み世界支配を目論む秘密組織だった。その野望を打ち砕くため立ち上がるリュウセイ達。その前に立ち塞がる同級生エリート3人組。

突然、お米以外の主食を禁じる条例が発令された。パンを食べられなくなったロイドは町を出ると言う。「そんな理不尽は許せない」と立ち上がるリュウセイと勝治。主食の選択権を賭けボーグバトルの勝負が始まる。雑魚ボーガーを倒した後に立ち塞がったのは親友のケン。中華料理屋の息子が何故…。何かに憑かれたように戦うケンにさすがのリュウセイも大苦戦。