サトシたちと別れたタケシは、父親の手紙に従い故郷ニビシティへ帰ってきた。しかし呼びつけたはずの父ムノーは、一人路上で自身のニビジムを憂いてばかり。訳が分からないまま、とにかくニビジムに戻ってみたタケシが見たものは、かつての屈強ないわタイプポケモンの総本山、ではなく、いわタイプポケモンの苦手な水に囲まれた乙女チックなジムだった！どうやら家出から帰ってきたタケシの母ミズホがジムを改造し、ムノーはこれを嘆いていたようだ。あきれ果てたタケシは両親を叱り、ジムの主導権を賭けてのバトルを提案する。移り気でチャラチャラとしたミズホと、頼りないムノーの勝負の行方は！？ニビジムは一体どうなってしまうのか？！(C)Nintendo･Creatures･GAME FREAK･TV Tokyo･ShoPro･JR Kikaku (C)Pokémon

サトシ達と別れたカスミは、不適切なジムを取り締まるポケモン監察局のニュースを耳にし、留守を任されたハナダジムへの道を急いでいた。ハナダジムでカスミを待っていたのは、なんとジム内で暴れ回っている凶暴なポケモン、ギャラドス。こんな状況を監察局に見つかっては大変と、子供の頃のトラウマから唯一苦手な水ポケモン、ギャラドスを必死に手懐けようと奮闘するカスミ。しかし一向にギャラドスは大人しくならない。カスミは夢の中でサトシやタケシに助けを求めるほど苦しむ。そんなカスミの弱みを利用してジム乗っ取りを企む、怪しい３人組が近づく…！(C)Nintendo･Creatures･GAME FREAK･TV Tokyo･ShoPro･JR Kikaku (C)Pokémon

ドコカノ村という村に吹っ飛んできたロケット団は、そこでテレビドラマに出てくる正義の味方“スケット団”と勘違いされてしまう。村人たちは最近、村の外れに引越してきた老人が連れてきたロボットの悪さに困っており、テレビでおなじみのスケット団なら村を救ってくれるに違いないと思いこんでいた。すっかりスケット団と勘違いされ歓迎されるロケット団は、この機会に村をホウエン地方の拠点とする事を思いつくのだが…。(C)Nintendo･Creatures･GAME FREAK･TV Tokyo･ShoPro･JR Kikaku (C)Pokémon

様々な子供たちのポケモンを預かっているオーキド博士の研究所は、いつもたくさんのポケモンたちがのんびり暮らしている。突如そこに現れたのはロケット団のコサブロウとヤマト。二人は研究所に忍び込み、預けられているポケモンを一気に大量ゲットしようと言うのだ。フシギダネはいち早く異変に気づき、博士と助手のケンジにこのことを伝えようとするが、思うように伝わらない。そうこうするうちにポケモンの着ぐるみに隠れた二人に、まんまとモンスターボールを盗まれてしまう!!果たして、オーキド博士と研究所のポケモンたちは、奪われたモンスターボールを取り返せるのか？！(C)Nintendo･Creatures･GAME FREAK･TV Tokyo･ShoPro･JR Kikaku (C)Pokémon

留守中のお姉さんたちに代わってハナダジムのジムリーダーを務めていたカスミ。しかし、大切に保管してあったはずのジムバッジがなくなっていて一大事に！　旅行中のサクラ姉さんからは、リフレ村の職人さんがバッジを手作りしていたことを確認するが、リフレ村まではかなり遠い。さて、カスミはこのピンチを乗り切って無事バッジを手に入れることが出来るのか！(C)Nintendo･Creatures･GAME FREAK･TV Tokyo･ShoPro･JR Kikaku (C)Pokémon

「出会いのミレニアムタウン」 大都会ミレニアムタウンには、ポケモンがたくさん生活している。そこにはマスターポケモンを目指す二ャースも…。二ャースは公園で朝ご飯を食べるためにサンドイッチの入ったバスケットを持って出かけるが、途中ムチュールとぶつかった拍子に互いのバスケットが入れ替わってしまう！二ャースは自分のバスケットを取り戻そうと追い掛けるが… 「アルバイトはたいへん二ャース!?」 二ャースはミレニアムタウンのマスターポケモンになるという野望の第一歩として、ピザの配達のアルバイトを始める事にした。たくさんの配達をまかされた二ャースは一計を案じピチューたちに配達を手伝わせるのだが…。 (C)Nintendo･Creatures･GAME FREAK･TV Tokyo･ShoPro･JR Kikaku (C)Pokémon