大学を中退後、家でゲームばかりしている有栖良平 (アリス)。自分のことを見下す父や弟と折り合いの悪かった彼は、家出してしまう。一方、彼の親友カルベとチョータも気分の悪い1日を味わっていた。やがて彼らは合流して、渋谷の交差点で騒いで事故を起こしてしまう。警察に見つからないように駅の公衆トイレに隠れた3人は、ふと街から人がいなくなっていることに気づく。そこは、誰もいなくなった東京の街だった。戸惑う彼らは、ある理不尽なゲームに巻き込まれる。

最初のゲームで生き残るために必要な「ビザ」を3日ぶん得たものの、チョータはケガをしてしまう。そんな彼を残して、アリスとカルベは新たなゲームに参加する。そこで、ゲームの難易度を表すトランプの意味を説明された2人は、一番厄介なのはハートのゲームだと知る。次にやってきたゲームは「スペードの5」で、彼らは巨大なマンションで命懸けの鬼ごっこに挑む。そんな中、アリスはクライマーの女性・ウサギと不思議な空気をまとった男性・チシヤと協力し合う。

生き延びるために必要な「ビザ」の期限が刻々と近づいてくるチョータとシブキ。ゲームをクリアすればビザが得られるため、4人はゲーム会場となった新宿区立自然植物園に向かう。ゲームは「ハートの7」のかくれんぼだった。人の心を弄ぶ裏切りのゲームを予感する4人は、そのゲームでは最後に1人しか生き残れないというルールを伝えられる。

罪悪感に耐えきれず、生への執着を手放しかけるアリス。そんな中、路上で倒れている彼を見つけたウサギは、彼を励まそうとする。やがて彼女のおかげで生きる理由を見いだしたアリスは、地下高速道路で試練に耐えるゲームに参加。そのゲームをクリアした2人は、前にカルベから聞いたことのある、手がかりになるかもしれない「ビーチ」を探し始める。そしてアリスは、このゲームを作った人物を突き止めようと決意する。

ビザが貯まり、「ビーチ」を探し続けるアリスとウサギ。彼らはゲームに参加する人たちを観察し、参加者の中にロッカーキーを身につける者がいることに気づく。そして彼らを尾行した2人は、ついにビーチにたどり着く。しかし、そこにいるのはゲームマスターではなく、楽園を支配するボス・ボーシヤだった。彼は、人々の力を借りてこの世界を抜け出そうとしていることを2人に伝える。やがて意に反してビーチの一員となった2人は、そこでのルールを教えられる。

ビーチで、ボーシヤが率いるカルト派と、アグニが率いる武闘派が対立する。一方、情報を収集するアリスとウサギに声をかけるチシヤ。何かを企んでいる彼は、アリスたちに現状を打破する方法を教える。そんな中、不測の事態が起こり、一触即発だったビーチのパワーバランスが大きく揺らぐ。状況を変えようとするアリスたちは、その機に乗じて危険な行動に出る。そして戦いが始まる中、思わぬ事態が発生する。