10年前、火星探査機が持ち帰ったパンドラボックスから放たれた光によって地面が隆起、巨大な壁が出現した。世に言う「スカイウォールの惨劇」…。日本は3つに分割され、それぞれに北都、西都、東都という首都が誕生。互いに対立していた。そして現在。東都では、謎の未確認生命体スマッシュが出現。戦兎 (犬飼貴丈) は人知れず仮面ライダービルドに変身し、スマッシュと戦う日々を送っていた。しかし、戦兎にはここ20数年間の記憶がない。わずかに覚えているのは「ガスマスクの科学者、人体実験、コウモリ男…」のみ。戦兎は東都先端物質学研究所に就職。ビルドとしての戦いを続けながらも、研究者としてパンドラボックスの謎の解明を担当することになる。そのころ、殺人罪で服役中だった龍我 (赤楚衛二) が脱獄した。

龍我 (赤楚衛二) に殺人犯の濡れ衣を着せた男と、スマッシュの人体実験場に連れて行くため龍我を襲った男が「ナベシマ」という同一人物であることがわかった。戦兎 (犬飼貴丈) は「ナベシマ」を探し出そうとするが、新たなスマッシュが出現。戦兎はビルドに変身し戦いを続ける。美空 (高田夏帆) がネットアイドルというもう一つの“顔”を使い、「ナベシマ」の情報をゲットした。その情報をもとに龍我は電話で鍋島 (市オオミヤ) に接触。「無実を証明しろ」というが、鍋島は「俺が何かを言えば、ファウストに殺される…」と答える。“ファウスト”とはいったい…!?

ファウストが東都先端物質学研究所から盗み出したはずのパンドラボックスのパネルを、「nascita (ナシタ)」の地下、アジトの壁から発見した戦兎 (犬飼貴丈)。なぜ石動 (前川泰之) がパネルを持っているのか? 厳しい口調で問い詰める戦兎に、石動と美空 (高田夏帆) は、自分たちとファウストとの関わりなど真実を明らかにする。初めて明かされる石動父娘とファウスト、パンドラボックスとの関係とは―? 紗羽 (滝裕可里) が、戦兎の過去の知る人物を見つけてきた。その青年の話によると、戦兎の本名は佐藤太郎。青年と同居し、バンド活動をしていたという。青年の顔もバンドのこともまったく思い出せない戦兎だが…。