ネオショッカーの新たなる怪人クモンジンによって誘拐された真一は、仮面ライダーにその危機を救われる。だが、執拗なクモンジンは、別の作戦に切り替える。真一の弟である健二を人質にとり、ライダーと真一を呼び寄せるのであった…。

怪人コウモルジンの吹く不気味なコウモリ笛の音。それを耳にした子供たちは、コウモルジンに次々と連れ去られてしまう。その目的とは、ネオショッカーが小児の血液中に存在するRHBを採取し、これを原料として強力な毒ガスを製造しようと企んでいたのだった。

ネオショッカーの大幹部であるゼネラルモンスターが、新たに創り出した怪人サソランジンは、かつて山で遭難した女性の美也の改造された姿であった…。そして、サソランジンは、ゼネラルモンスターによって遠隔操作される状況下にあった。

成田空港に着くはずのジャンボ旅客機が消息を絶つ。その旅客機には、人間改造学の権威である代田博士が乗っており、代田博士を狙うネオショッカーの仕業であった。怪人ドクバチジンは、さらに博士の娘である絵美を狙うが、その前にライダーが立ちはだかる。

看護婦である雪絵に化けたネオショッカー怪人キノコジンは、胞子を吹いて洋を襲う。その場に居合わせた足を病んだ少女･久美子は眼を傷つけられてしまう。全く身に覚えのない罪を着せられた雪絵は、悲しみに沈む。そんな中、キノコジンは、さらに洋に襲い掛かるが、洋はすでにネオショッカーの陰謀に気付いていた。