地球の移民惑星であるソロ星。そこには未知の文明が存在していた。そんなソロ星にある遺跡から発掘され、復元された3体のメカ。だが、異星人のバッフ・クランもまた、伝説の無限力「イデ」を求めて、ソロ星に接近していた。不用意な接触の中、伝説の巨神がその姿を現して…。

バッフ・クランの宇宙軍総司令ドバの末娘であるカララ救出のため、ニューロピアというソロ星に1つしかない町を攻撃するバッフ・クランの武人であるギジェ。それを受け、逃げまどう移民たち。そんな中、泣き叫ぶ赤ん坊を乗せたイデオンが再び立ち上がる。それは伝説の巨神なのか？ そして、地中に眠る巨大メカとは？

地下に眠る巨大メカは宇宙船に違いないと、ソロ星からの脱出を考える地球連合軍の士官候補生であるベスたち。だが、あくまでもカララを救出しようとするギジェの攻撃隊が、彼らを襲った。その時、未知のエネルギーが発動する。地を揺らし、姿を現す巨大宇宙船。そのパワーの源とは…？

またもイデオンをバッフ・クランの攻撃機が襲う。すさまじい攻撃を浴びながら、エネルギーが上がらないイデオン。ついに膝をついたイデオンを助ける術はないのか？ その時、宇宙船のゲージが激しく輝きを発し、反物質エンジンが発動して…。

亜空間に逃れたものの、コントロールできずに再びソロ星へと戻ってきてしまった宇宙船。そこで、囚われの身となったカララから語られる「イデ」の伝説とは？ そんな中、バッフ・クランの武人であるダミドの攻撃が始まった。応戦するイデオンだが、パワーが上がらず、苦境に陥ってしまう。その時、信号弾が打ち上がり…。

バッフ・クランとの停戦を求めて、宇宙船に掲げられる白い旗。だが、それはバッフ・クランには最大の挑発だった。そのため、カララの言葉により、宇宙船には停戦の印である赤い旗が掲げられる。だが、攻撃を仕掛けるダミド。そして、その電磁波攻撃に苦しむイデオン。果たして、この苦境を脱することができるのか？