近未来。世界は、深海で発見されたオルファンという遺跡の話題で騒然としていた。ある日、ブレンパワードの誕生に偶然立ち会った字郡宮比瑪は、オルファンに従う組織リクレイマーの伊佐未勇とカナン・ギモスに襲われる。オルファンの意恩が正義だと信じる2人に怒り、独善だとなじる比瑪。気圧された勇たちは撤退するが…

海底から浮上するアンチボディを探知した戦艦ノヴィス・ノアのアノーア艦長は、比瑪を出撃させた。そこでカナンとシラーに追い詰められていた勇のブレンパワードに接触した比瑪は、勇と力を合わせて2体のグランチャーを退ける。その後、両親が在籍していたツクバ大学西東京分校の研究施設へ向かった勇だったが…。

ノヴィス・ノアに帰還した比瑪は、何故勇と共に戦えたのか考えていた。その頃、勇はマイクロウェーブ発振機を武器に転用できないかと腐心していた。そこに、ナンガとラッセ、比瑪のブレンパワードが到着し共闘を申し出るが、勇は1人で戦うと言い張る。するとそこへジョナサンたちが襲いかかってきて…。

1人でオルファンと戦う難しさを感じ始めていた勇は、オーガニック・プレートの情報を得るため、祖母の直子と暮らした生家に向かう。その頃、翠からデータ回収を命じられたカナンは、勇の生家を訪れていた。そこでカナンと鉢合わせた勇は、共にオルファンを捨てようと説得するが、カナンはそれを受け入れられず…。

ノヴィス・ノアに勇が乗艦した。ゲイブリッジは歓迎するが、艦長のアノーアは懐疑的だった。一方、ノヴィス・ノアの偵察を命じられたカナンは、勇を利用価値のみで語る伊佐未ファミリーに不信感を抱くが、それを察知したジョナサンは、シラーに尾行を命じる。ノヴィス・ノアに接近しつつ、退却するカナンを見た勇は…。

木曽山中で発生したプレート性誘発地震を調査するため、オルファンからはジョナサンのグランチャー部隊が出撃し、ノヴィス・ノアはコモドとヒギンズを派遺した。カナンにユウ・ブレンとグランチャーとの違いを理解させようとしていた勇は、プレート発見の報が入ると、出撃する比瑪に無理やり同行してしまう。