見たものをすべて一瞬で覚えられる完全記憶能力を持つ准教授･高槻彰良 (伊野尾慧)。そして、過去の怪異体験から人の嘘が分かるようになってしまった大学生･深町尚哉 (神宮寺勇太)。2人が出会い、怪異事件を追うようになってから1年――。ある日、高槻の研究室に、フリーカメラマンの寺内一 (小池徹平) が訪れる。寺内は、母親が盲信する“奥多摩の奇跡の少女”について調べてほしいという。寺内の言動に違和感を抱きつつ、高槻研究室の大学院生･生方瑠衣子 (岡田結実) とともに調査を始めた高槻たちだったが――。調査とともに浮かび上がる高槻の過去、そして、不穏な空気をまとう寺内の真の目的とは――。高槻たちは、ついに“神隠し”という最大の怪異事件に迫っていく。