数々の難事件を鋭い推理で解決する高校生探偵の工藤新一 (小栗旬) はマスコミの注目の的で、警視庁の目暮警部 (西村雅彦) も一目置く存在だ。 そんな新一の学校では、3日間の予定で修学旅行に行くことになっていた。だがその前日、新一の元に “修学旅行中、クラスメートの誰かを誘拐する” という内容の挑戦状が届く。

話: 黒の組織に毒薬を飲まされ、体が小さくなってしまった高校生探偵の工藤新一は、江戸川コナンと名乗り身を隠し、黒の組織の情報を追っていた。彼の正体を知っているのは阿笠博士と、同級生の灰原哀だけである。実は哀は黒の組織の一員・宮野志保で、新一の体を小さくした毒薬の開発者だった。だが姉を殺され、組織から逃れるため自らその薬を飲み、小学生の哀として身を隠していたのだ。彼女は密かに解毒剤の研究を続けていた。鈴木財閥が新しいホテルを完成させ、その披露記念として「ミス・ジャパネスク受賞祝賀パーティー」を生中継することになった。園子に招かれたコナンと、新一の同級生である毛利蘭、阿笠博士、灰原哀は招待客として出席する。そんな中、ミス・ジャパネスクの寿かれんに脅迫状が届く。

話: これは、工藤新一が江戸川コナンになる100日前の話。高校生探偵の工藤新一（溝端淳平）は毛利蘭（忽那汐里）たちと共に山奥にある十五夜村へやってくる。この村には巨大な百舌鳥が村人を襲い、ハヤニエにしたという大鳥伝説の言い伝えがあるという。村は大鳥様の魂を鎮める祭りを3日後に控えていた。そして、園子（秋元才加）の父親の知人で大富豪の和倉勇海（草刈正雄）が百舌鳥翔神社の境内を案内している時に大鳥伝説になぞらえた殺人事件が発生。ハヤニエに見立てられて和倉の助手を務める小坂（溜口佑太郎）が殺害され、村の語り部である土師とみ（鷲尾真知子）は祟りだと騒ぎ出す。和倉の次男、涼二（榊原徹士）も同じようにハヤニエに見立てられて殺害される。新一はこの村に伝わる大鳥伝説の謎、そして連続殺人事件に挑む！

第1話: 高校生探偵の工藤新一が目を覚ました。そこは白くて真四角な部屋だった。横には幼馴染みの毛利蘭が倒れており、両者は手錠でつながれている。また、蘭の父親で探偵の毛利小五郎も近くに横たわっていた。

第2話: ホワイトルームに閉じ込められてしまった高校生探偵・工藤新一は、入力パネルに事件のキーワードを入力。すると地鳴りがして、ゆっくりとドアが開く。彼は毛利蘭、毛利小五郎と一緒に隣の部屋に入っていく。

第3話: 高校生探偵の工藤新一は、毛利小五郎と毛利蘭と一緒に傍聴席から裁判を見守る。その裁判は、スナック勤めのホステス・斉藤麗香が勤務先の金庫から1千万円を盗んだ容疑者として逮捕された事件なのだが...。