数々の難事件を鋭い推理で解決する高校生探偵の工藤新一 (小栗旬) はマスコミの注目の的で、警視庁の目暮警部 (西村雅彦) も一目置く存在だ。 そんな新一の学校では、3日間の予定で修学旅行に行くことになっていた。だがその前日、新一の元に “修学旅行中、クラスメートの誰かを誘拐する” という内容の挑戦状が届く。