17振りめの刀剣男子として“とある本丸”に顕現した『大和守安定』。本丸に来て初めての朝を迎え、元の主が同じ新撰組の沖田総司である、『加州清光』とともに雪景色に染まった本丸を散歩する。雪合戦など本丸での日常を楽しむ刀剣男子たちに、時の政府から連絡が入り…。

『同田貫正国』と『鶴丸国永』が顕現した。大和守安定・加州清光は2振りを連れて本丸の中を案内することに。一方で、織田信長にゆかりのあるへし切長谷部・宗三左文字・薬研藤四郎の3振りをふくむ刀剣男子たちに、本能寺への出陣命令が下される。

『平野藤四郎』は大樹の下で幸運の四葉を見つけた。本丸へ新たにやって来た『鶯丸』に差し上げよう、と届けに行こうとするが、途中で邪魔が入りなかなか思うようにいかない。同じころ、大樹の下では粟田口派の短刀たちがまだ顕現していない兄に思いを馳せる。大和守安定は皆の願いを知り、ある作戦を考える。

『和泉守兼定』が顕現した。元の主が同じ新撰組、土方歳三の愛刀『堀川国広』は喜び、すぐに本丸案内を買って出る。大和守安定と加州清光も和泉守兼定との再会を喜び、新撰組の思い出話に花が咲く。一方、庭にある万葉桜は満開。その樹の下では刀剣男士たちが花見を楽しんでいるが、『次郎太刀』が酔ってしまい大変なことに…。

燭台切光忠と鶴丸国永は、顕現したばかりの『大倶利加羅』がこの本丸で馴染めるのか心配していた。歌仙兼定や鶯丸たちの行動を見た燭台切光忠は、あることを思いつく。一方、鍛刀部屋ではついに太刀『三日月宗近』が顕現した。天下五剣の登場に、刀剣男士たちが喜びに包まれるなか、主から出陣命令が下された。

大和守安定と加州清光は、本丸に来て間もない『山伏国広』『御手杵』『博多藤四郎』らと江戸遠征を控えていたが、遠征直前に主が発熱し、床に伏せてしまう。遠征先である江戸の調査に加え、薬研藤四郎の助言による解熱効果のある薬草を採取するため、江戸の山中へ向かう…。