「一子相伝の暗殺拳・北斗神拳の前には、ボウガンの矢など止まった棒にすぎん！」(ケンシロウ)ケンシロウの強さに目をつけたコソ泥の少年・バットは、バギーを作って共に旅立つ。凶暴な武装集団KING一味に襲われていた老人を救ったケンシロウ。しかし、老人が半年をかけて探し出し、自分の村へ持ち帰ろうとしていた種モミを奪われてしまう。バットの作戦で種モミを取り返し、老人を村まで送り届けるが、ケンシロウたちの去ったあと、KING一味のスペードたちが再び襲撃をかけてきた。ケンシロウは村を救うことができるのか!?

「ほざけっ、勝負はまだ…ひっでっぶ～～～っ」(ダイヤ)バットは護送車に捕らえられたリンを目撃する。ケンシロウの後を追って村を出たのだが、KING一味に捕まってしまったのだ。KINGの部下・ダイヤが支配するドラドの町では、捕らえられた人々は奴隷や慰み物として扱われていた。町に忍びこみ、リンの居所を探すバット。ケンシロウは、大鉄棒をふるう怪力のダイヤと対峙する。さらに、仲間の復讐に燃える鉄の爪の使い手・クラブも迫ってくる。捕らえられたリンの運命は!?

「おまえと俺との間には致命的な違いがある。それは欲望…執念だ!!」(シン)KINGが仇敵のシンだと確信したケンシロウは、一人その居城に向かう。シンは北斗神拳とならぶ暗殺拳・南斗聖拳の使い手であり、1年前に師の教えにそむいてケンシロウと戦い、その恋人ユリアを奪ったのだ。ケンシロウの胸の七つの傷は、シンが行った処刑によってつけられたものだった。ユリアはケンシロウを助けるため、シンを愛することを誓わざるをえなかった。ついにシンの居城にたどりついたケンシロウを、死の罠が待つ!!

「ここも、やっぱり力が支配する町…」(リン)ユリアとともに新しい都・サザンクロスへと移ったシン。それを追うケンシロウ、リン、バット一行は砂漠のなかのオアシスにたどりつく。そこは小さくても活気のある町だったが、町を守ることを名目に略奪を繰り返す『神の軍隊』ゴッド・アーミーに支配されていた。彼らは陸軍の特殊部隊レッド・ベレーの生き残りであり、その首領カーネルは超能力をもつ南斗拳法の使い手だった。ケンシロウはゴッド・アーミーに戦いを挑む!!