コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。スター選手のヒデやナオキを生で見ようと大群衆が沿道に押しかけている中、コナンたちは捜査のために変装した佐藤刑事・白鳥警部と遭遇する。本庁に妙なファックスが届き、それが以前に関わった事件と似ているのだ。

コナンたち少年探偵団の子供たちは、阿笠博士と一緒に東京スピリッツの優勝パレードを見にやってきた。だが、このパレードを妨害するというファックスが送られ、コナンたちの目の前で高木刑事の車が爆発。コナンは、爆発の直前に撮影していたテープの中を見て、ビデオに映っていないものに事件のカギがあるとにらむ。

コナンと少年探偵団の子供たちを連れて強盗事件の実況検分をしながら、佐藤刑事は３年前の連続爆破事件を思い出していた。犯人の罠にかかり、殉職していった松田刑事。その時、またしても爆弾予告の電話が鳴る。1,200 万人の東京都民を人質に警察への恨みを晴らそうとする犯人にコナンも刑事たちも怒りを燃やす。

伴場と初音の結婚式の前夜祭が行われ、小五郎はコナン、蘭と共に２人を祝福する。途中、初音はネイルサロンへ向かう。伴場が初音に電話をかけると、初音は「サヨナラ」と自殺をほのめかす。その直後、駐車場の車が炎上して初音の遺体が発見される。初音の付け爪に付着した皮膚のDNA鑑定から伴場が容疑者として浮上する。

初音が爆発した車から焼死体となって発見され、婚約者の伴場が容疑者として浮上する。捜査中、過去に初音が自分と伴場の境遇を聞いて表情を曇らせた事が判明。赤ちゃんだった２人は同じホテル火災で助け出され、身元不明のまま同じ教会で育てられていた。コナンはこの話を聞いて事件の悲しい真相に気付いてしまう…。

樫塚圭は先日他界した兄の遺品からロッカーの鍵を見つけ、そのロッカーを探し出してほしいと小五郎に依頼する。待ち合わせの日、小五郎は圭を装った男からメールをもらって外出。その間に男は事務所の人間として圭に会い、縛り上げた上に鍵の事をしつこく聞いてきたという。コナンは圭の証言を聞いてウソを見破るが…。