小五郎らは長野県にある虎田家の屋敷を訪ね、当主の虎田直信から転落死した跡取り息子の義郎の話を聞く。遺体写真には死んだムカデの姿。ムカデは血が乾く前に置かれたらしく、誰かが瀕死の義郎を見殺しにしたというのだ。犯人の心当たりを聞くと直信の妻、達栄は虎田家と長年いがみ合う龍尾家の中に犯人はいると訴える。

「火」をイメージさせる繁次の感電死により、「風林火山」になぞらえた連続殺人事件は完成。この後、線路脇で埋蔵金探しの経過を記した手帳が見つかる。６年前に甲斐を誤って殺害したという記述があった。敢助は６年前の事件を闇に葬るため、関与した仲間３人を殺害し、最後に自ら命を絶った繁次が犯人だと推理するが…。

長野県警の大和敢助警部と上原由衣刑事に捜査協力を求められた小五郎はコナン、蘭と共に長野の森の中にある希望の館へ。最初、館には若者６人が住んでいたが、５、６年前からは館で知り合って結婚した夫婦しか住んでいなかったという。敢助は遺体が発見された部屋に小五郎らを案内。当時、中の人間は餓死していたという。

部屋の内側のドアノブと赤いスプレー缶に付いていた指紋が高明の部下のモノと判明。高明は倉庫に花を添えるために新米刑事と館を訪れ、明石周作の遺体を発見したと告白。部屋に閉じ込められればノブに手をかけるのが普通だが、明石の指紋は付いておらず、壁を塗った赤いスプレー缶からも明石の指紋は出てこなかったという。

コナンは敢助らが高明を監視している事に気付く。すると敢助は高明も容疑者の１人だと明かす。直木司郎の死亡推定時刻である昨夜10時から11時のアリバイを確認。３人の証言により、司郎が明石に金をせびっていた事、司郎がイタリアに行くと話していた事が明らかに。その頃、高明は死亡の館の赤い部屋を訪ねる。