国際手配されている脅威のハッカー集団「ファントム20」が突如、日本金融界の中枢を担う「ひかり銀行」にサイバー攻撃を開始した! 副頭取の宇田川 (中尾彬) が頭を抱える中、警視庁刑事部長･浪越謙次朗 (香川照之) が指揮を執り、捜査本部は極秘で緊急対応にあたるが、手も足も出ない状態…。だが、そんな未曾有の窮地を、ある男が救う。男の名は明智小五郎 (西島秀俊)―優れたハッキング技術を持つ「チームBD」を率い、自らもズバ抜けたサイバー系の知識と技術を誇る人物だった! その才能に目をつけた浪越は、警視庁「サイバー捜査支援室」の主任･小林芳雄 (伊藤淳史) を明智のもとへ送り、サイバー犯罪捜査のアドバイザーとして招聘。さっそく、ある事件の犯人を特定するよう依頼する。

ある誘拐事件を鮮やかに解決した直後、明智小五郎 (西島秀俊) はうっかり階段から転落。大病院「城西メディカル」に入院する。奇しくも同院は、厚生労働大臣･河本圭子 (倍賞美津子) の旗振りのもと、ロボット支援手術など医療のIT化を積極的に取り入れている病院。河本がその安全性を自ら証明するため、心臓の手術を受けることも公表されており、にわかに注目を集めていた。そんな中、奇怪な事件が起こる。何者かが万全のセキュリティー対策を突破し、厚生労働省の公式サイトをすべて料理のレシピにすり替えたのだ! しかし、犯人特定の手がかりはまるで得られず、警視庁は手をこまねくばかり…。そこで、浪越謙次朗 (香川照之) から明智に捜査協力を依頼するよう命じられた小林芳雄 (伊藤淳史) は、明智が入院している「城西メディカル」へ。