警視庁捜査一課SIT第3係の主任で、優れた交渉術を誇る真壁有希子 (天海祐希) は、バスジャック立てこもり事件で犯人の説得を試みる。ところが、不測の事態が発生して失敗。有希子は全責任を負わされる形で、異動を命じられる。その異動先とは…昔から反りの合わない管理官･梶山勝利 (田中哲司) が統括する緊急事案対応取調班、通称「キントリ」。特に重要と認定された案件の取り調べを行うため、優秀な取調官を集めた専門チームだった! 梶山を筆頭に菱本進 (でんでん)、中田善次郎 (大杉漣)、小石川春夫 (小日向文世) ら、クセモノ揃いの「キントリ」で、有希子は新たな一歩を踏み出すことに…。

河原でモデル･霞智子 (佐藤寛子) の死体が見つかり、さっそく被疑者が逮捕された。被疑者は遺体発見現場近くのコンビニエンスストアのトイレで、凶器と思われるスパナを洗っていた杉田英治 (林家正蔵)。妻と中学生の娘を持つ電器店の店主だった。ところがこの杉田、捕まってから12時間が経過しても、捜査一課での取り調べに対して一言もしゃべらない。お手上げ状態になった捜査一課は、有希子 (天海祐希) ら「緊急事案対応取調班 (=キントリ)」に取り調べを要請。さっそく菱本 (でんでん) と小石川 (小日向文世) が、杉田の取り調べを始めることに。ところが、杉田は落ち着き払った態度で、相変わらず完全黙秘を貫く…。

経済産業省のエリート官僚・佐原俊夫（神尾佑）が自宅の階段から転落死。血まみれになって倒れている俊夫を母・和子（田島令子）が発見した時、階段の上には若く美しい妻・利香（安達祐実）が呆然と座っていた…。俊夫は転落直前、6歳の息子・大地（田中奏生）が使っていた玩具の電車で頭部を殴られていたが、その玩具には利香の指紋が多数付着。利香も自分が夫を殺したと自供する。 まもなく、被害者が国家の機密に関わる業務を担当していたため、「緊急事案対応取調班（＝キントリ）」に利香の取り調べ要請が下った！被疑者が女性ということもあり、主取調官に任命された有希子（天海祐希）は、さっそく取り調べを開始。罪を認めながらも犯行動機などを明らかにしなかった利香だが、遂には有希子の厳しい追及に重い口を開き、夫から離婚を切り出されたことが発端だと告白する。

衆議院議員の三木本史郎（神保悟志）が贈収賄疑惑で、警視庁に任意同行された。本来は捜査二課が扱うべき事件だが、刑事部長・郷原（草刈正雄）直々の要望で「緊急事案対応取調班（＝キントリ）」が取り調べを担当することに。さっそく中田（大杉漣）、かつて捜査二課にいた小石川（小日向文世）は三木本の取り調べを開始する。 ところが、三木本は余計な暴言は吐きまくるものの、肝心の贈収賄疑惑については白を切り通す。だが、そんな三木本を小石川は激しく追及。遂に、献金を受け取ったのは第一秘書・菅沼俊樹（泉谷しげる）だと供述する。だが、これが逃げ口上であることは明白…。有希子（天海祐希）らは翌日に菅沼の供述を取った上で、三木本を潰そうと考えるも、証拠隠滅を図られることを危惧する。ところが釘を刺された三木本は、それほど疑うならば…と自ら進んで留置場に宿泊。一方、菅沼は三木本の事務所から怪しげな紙袋を持ち、自宅へと戻っていく…。

公園の池に捨てられたスーツケースの中から、男の絞殺体が見つかった。被害者は詐欺グループの幹部･真木祐介 (竹財輝之助)。監物 (鈴木浩介) が8年前に取り逃がした指名手配犯だった! それからまもなく、事件当夜にスーツケースを池まで運ぶ男を目撃したという人物が、別々に名乗りを上げてくる。目撃者は春日小夜子 (根岸季衣)、望月芳江 (茅島成美)、松井蘭子 (西尾まり) の3人。いずれも主婦ということで、有希子 (天海祐希) が事情聴取をすると、犯人の人相に関しては判を押したように同じ証言が飛び出す。3人によれば、犯人は40歳前後の中肉中背の男。髪は短く、眉が濃く、細面で、頬にはほくろがあったという。

ゲーム会社社長・山本真人（佐戸井けん太）が誘拐され、被疑者としてゲームデザイナー・北原健（満島真之介）が逮捕された。北原は一部に熱狂的なファンを持つゲーム『ペガサスアドベンチャー』の開発者。苦労して作り上げた最新作『ペガサスアドベンチャーIV』がお蔵入りになるのを阻止するため、犯行に及んだと思われる。だが、北原は頑として山本の居場所を明かそうとしない。そこで、緊急事案対応取調班（＝キントリ）は山本の安全を確保するため、早急に取り調べを行うことに。だが、北原は取り調べを受けることは想定していたと言い、ぬけぬけと「ゲームは一つの人生です。ゲームの中の人物には僕たちと同じように命があります。それを葬ろうとした奴は罰を受けねばなりません」と言い放つ。人の命を軽視するような北原の発言…。有希子（天海祐希）は怒りを覚えずにはいられない。