1894年、精神分析医のネイサン・アップルビーと、カメラマンである妻のシャーロットは、ネイサンの母親の農場を引き継ぐため。イギリス南西部のサマセットへと引っ越す。若き夫婦は時代遅れの農場に新しくトラクターを取り入れるなど、改革を進めていく。

アップルビー農場がある村では、市場への往来を容易にするため、鉄道建設計画が進んでいた。ネイサンは、使用人の息子チャーリーを、亡くなった息子ガブリエルと重ね合わせ、自分の子供のようにかわいがっていた。

収穫の時期が迫り、農場の空気が張り詰めていたある日。ピーターが池の底に沈む女性の死体を発見する。ネイサンが捜しに行くが、そこにはもう死体はなかった。その後、ピーターは"母親をいけにえとして差し出せ"という女性の声に悩まされるようになる。

ある朝、学校教師のマーサ・エンダービーが混乱した様子で村へ帰ってきた。極度のショック状態で、何があったか思い出せずにいたが、徐々に記憶を取り戻し始める。森で友人アリスを捜していたところ、ジャックに襲われたという。

鉄道技師の一人が、森で首を吊られた女性を目撃する。しかし一緒にいたグウェンには、その女性の姿は見えなかった。恐怖に怯える技師たちは、鉄道建設作業を中断して村を去ってしまう。

ガブリエルに会いたい衝動を抑えきれないネイサンは、自分勝手な行動で使用人たちの信頼を失う。そして、自分の子供を身ごもった最愛の妻、シャーロットにも冷たくあたるようになり、夫婦の関係は壊れつつあった。一方、現代に生きるララの病室にガブリエルが現れる。