祖父が遺した精神病院を高級マンション“ベッドラム･ハイツ”へとよみがえらせたケイトと父ウォーレン。しかし、そこには病院で虐待を受けた人々の霊が棲み続けていた。そして、ある霊がケイトに忍び寄るとき、一人の男が現れる。男の名はジェド。ジェドには霊と、霊の死に様が見え、そのため義父のウォーレンによって精神病院に入れられていたのだった。ジェドはケイトと霊を救うために動き出すが、そんな中、ケイトのルームメイト、モリーの親友ゾーイが失踪してしまう。

ハイツの新しい住人リア。バーで意気投合したモリーは、DVによって傷ついたリアに心を寄せ友人となる。同じ頃、リアの周辺では不思議なことが次々と起こる。そしてリアの車の修理を請け負ったジェドは、リアを悩ます原因が喉をかき切って自殺した男の霊だということを知る。一方、ケイトのルームメイトで弟を殺されたショックから立ち直れないライアンは、ジェドの能力に気付き協力を申し出る。やがて二人は、リアがある事件に関係していたことを突き止めるが…。

ハイツの新たな住人セイディ。彼女は精神を病み入院していたが退院し自活の道を歩み始めていた。ジェドは自分と同じ境遇を持つセイディと親しくなり安らぎを覚え始める。しかし、そんな中セイディの周りでは不可思議な事件が起こり始める。絵やガラスに現れる謎の泥汚れ。セイディは病気が完治していないと安定剤を多用し始める。一方、ライアンはある夜彼の前に現れた女性グレイスから助けを求められる。彼女は病院の元患者でハイツの近くに住みつき失踪した娘を探していたのだった…。

ジェドの友人でベッドラムに住む軍人マークは謎の女からのイタズラ電話に悩まされる。やがてそのイタズラはエスカレートしていき、彼は昔捨てた女からのストーカー行為だと感じ始める。しかし実際は、女の霊がアフガニスタンへ赴任するマークを行かせまいと邪魔をしているのだと分かる。一方、ジェドの母がベッドラムの患者だったことを知ったライアンとモリーは、ジェドが病院の関係者ではないかと調査を始めるのだが…。

モリーにとりついた炎に包まれた謎の男の霊。彼は愛する姉や家族を焼き殺し、このベッドラムで焼身自殺した若者だった。悪夢にうなされるモリーのためジェドたちは、その霊のことを調べ始める。一方で、ジェドのケータイに届く不思議なメッセージと4ケタの数字“2439”。ジェドとライアンはベッドラムにその昔存在した2439号室に秘密が隠されていると考え始める。そんなとき、ゾーイの失踪を父の仕業と疑うケイトがジェドに助けを求めてくるのだった…。