『フラグ』それは人生の岐路に立つ、大切な分岐点を示す道しるべ。ある事件以降、他人の頭に様々な『フラグ』が見えるようになった少年・旗立颯太は、その能力ゆえに他人と距離を置いてきたが、そんな彼に興味を持った美少女達とひょんなことからひとつ屋根の下で寮生活を送ることになってしまう。次々と颯太の前に現れる、様々な美少女達との共同生活の行方は？ そして、颯太が目にする『フラグ』が導く先に何があるのか…。