忍者の里、伊賀から忍者ハットリくんが三葉家にやってきた。トレードマークはどんぐりまなこにへの字口。少年忍者ハットリくんの素早い身のこなしにケン一達は驚きの連続。

遊びすぎて宿題をするのを忘れてしまったケン一。先生に怒られるのをこわがるケン一を見てハットリくんは、先生を悪者の敵と勘違いしてしまう。学校でケン一が怒られるのを見ると先生にお仕置きをしてしまった。

模型機関車が欲しいケン一。家の手伝いをしておこづかいをためようとするが、ハットリくんがケン一よりも先に用事を済ませてしまう。怒ったケン一に追い出されてしまうハットリくんだが、ケン一のためにそば屋でアルバイトを始める。

伊賀からハットリくんを求めて、忍者犬「獅子丸」がやってきた。食いしん坊で礼儀知らずの獅子丸。迷惑をかけたくないハットリくんは伊賀に追い返そうとするが、居残りたい獅子丸はパパとママに必至にアピールする。

学校のテストで100点をとると宣言したケン一は猛勉強を開始した。遊びの誘惑に負けそうになるところをハットリくんが見張り、徹夜で勉強をやり遂げたケン一。はたしてテストの結果は？

今日はパパとママの結婚記念日。ハットリくんとケン一は内緒で豪華な料理を用意する。そうとも知らない獅子丸は、自分の歓迎パーティだと勘違いして、夢子ちゃん達を勝手に自宅に招待する。