伊賀の里で修行を積んだ忍者、ハットリくんが東京に修行の場を移し、ひょんなことから三葉家の居候になることから物語りは始まる。三葉家のひとり息子の“ケン一”とその友達、さらに正体を隠しケン一と同じ小学校に通うライバルの甲賀忍者“ケムマキ”たちと毎回、様々な事件に巻き込まれてしまう。今回はどんな忍術が飛び出すのか!!