シャロ、ネロ、エリー、コーデリアの4人は、トイズと抜群のチームワークで数多くの事件を解決してきた「ホームズ探偵学院」の人気者。学生だけでなく偵都ヨコハマの市民たちからも「ミルキィホームズ」と呼ばれ、憧れの的だった。だが、ある嵐の夜、宿敵「怪盗帝国」とのバトルの最中に「ミルキィホームズ」の4人はトイズを失ってしまい、事態は激変する。優秀な探偵だった「ミルキィホームズ」は何をやってもダメなダメダメ探偵になってしまったのだ！ どうしてもトイズが蘇らない「ミルキィホームズ」4人に対し、その事態を憂慮した学院の生徒会長アンリエットは、最後通牒を突きつけた！ それは何と…?!

せっかくトイズが戻ってきたのもつかの間、またまたトイズを失ってしまったミルキィホームズの4人。好敵手の復活を強く望むアルセーヌ（＝アンリエット）は、ミルキィホームズがトイズを取り戻すようにと、陰になり日向になり4人をサポートするが、トイズが復活する気配は全くない。それどころか、4人は貧乏生活にすっかり慣れ、ダメダメ街道まっしぐら。遂にはトイズだけでなく、学院生活に一番大事なものもすっかり忘れてしまい…。