1999年、地球を中心に太陽系の惑星が巨大な十字に並ぶ。このグランドクロスという現象は、宇宙より災いを呼び寄せると言われていた。そんな時、首都に宇宙から隕石が落下。火災が発生し、街はパニックになってしまう。消防隊や救急隊、警察などの必死の対応によってその被害は収まったかに見えたが…。

5人の職場に勝手に退職届を出してしまった巽博士。あまりの自分勝手さに詰め寄るショウだが、巽は話をはぐらかしてしまう。一方、その日はスペースシャトル･マホロバが地球に帰還する日だった。マホロバには、ショウの先輩、速瀬京子が乗っている。そんな時、竜巻が発生し、東京湾の魚を巻き上げながら都心に迫っていた。

ナガレとダイモンがサイマ獣の罠にはめられ、ダイモンが大怪我をしてしまう。マトイは、側に付いていながら弟を危険にさらしたナガレを責め、ナガレは反論もせずに出ていってしまう。そんな時、再びサイマ獣が現れた。怪我をしているダイモン、出ていってしまったナガレ。分断されたゴーゴーファイブは敵を倒せるのか?

マツリは以前勤務していた病院に、老患者･高部を見舞いに行く。するとサイマ獣の作戦により、突然気温が急激に上下し始めた。異常気象を察知して駆けつけたマトイたちは、サイマ獣･ソルゴイルと戦う。マツリは、高部を別の建物に避難させ、マトイたちとともにサイマ獣を退却させる。だが、高部の姿が見えなくなっていた。

マトイは、行方不明者が出ている山へ確かめに向かおうとするが、京子が勝手について来てしまう。山では父親と登山に来ていた少年･達也が木の前で泣いていた。サイマ獣によって父親が人間樹にされてしまったのだ。そこにサイマ獣･クエイクロスが現れた。マトイは京子たちを逃がし、着装してサイマ獣と戦うが…。

父やマトイと衝突したショウは、航空隊に復帰しようと本部へ向かった。ところが、そこに保管されている猛毒のXXX (トリプルエックス) を狙い、災魔一族が侵入。XXXは空気に触れると急激に増殖し、あらゆる生物を死滅させる力を持っている。マトイたちが駆けつけるが、サイマと戦う中でボックスに穴が開いてしまった。