環境省の天海啓示 (小栗旬) は“日本未来推進会議”のメンバーに選出され、着々とキャリアを積んでいた。そんな中、「関東沈没説」を唱える田所雄介 (香川照之) と出会う。

田所博士 (香川照之) の予測通り日之島が沈み危機感を覚える天海 (小栗旬) だが、政府は「関東沈没説」をデマと決めつける。そんな中、天海と田所の癒着疑惑が報じられ…。

「遅くとも1年以内に関東沈没が始まる」という田所博士 (香川照之) の予測に驚く天海 (小栗旬)。これが真実だとして国民にどう伝えるのか、政府の間でも意見が対立し…。

ついに「関東沈没説」が国民の知るところとなり、株価が大暴落するなど世間は混乱を極める。不眠不休で住民避難を進める天海 (小栗旬) だが、悲劇の足音は近づいていて…。

ついに「関東沈没」が現実となる。対応が早く死傷者は最小限だったが、国民の悲痛は計り知れない。天海 (小栗旬) は避難途中で事故に遭った娘 (宝辺花帆美) を探しに行く。

復興へ向けて歩みだした日本だが、田所博士 (香川照之) は「日本沈没」という更なる悲劇を予告。天海 (小栗旬) たちは海外への避難を視野に秘密裏に外交交渉を進めるが…。