沈没した島の調査のため、田所ら調査団は現地に向かうが、ベヨネーズ列岩の大爆発に遭遇。忠告を無視し、田所は小野寺を挑発して、強引に「わだつみ」で潜水。だが、田所は沈んだ島には見向きもせず、艦を日本海溝に向けさせる。その海底に不気味な溝と奇怪な乱泥流を発見するが、艦は急速な渦に巻き込まれる。奇跡的に難を逃れたが、小野寺は重症を負ってしまう。そして、その入院先に現れた田所は、密かに小野寺に告げる「日本は沈没する」と…。にわかに信じようとしない小野寺。数週間後、退院した小野寺は、なぜか玲子のパーティーに招かれるが、伊豆の天城山が大爆発。二人は津波に巻き込まれてしまう！！(C)東宝

天城山の噴火によって発生した津波から、小野寺は必至で玲子を救出。東京に戻った小野寺に、田所は日本沈没の危機を説き、日本人を救うため協力してほしいと申し出る。だが、田所の強引さで恋人・悦子を救えなかったことを恨む小野寺は、田所の申し出を素直に受けとることが出来ない。そんな中、小野寺と玲子は急速に惹かれ合い、小野寺は亡き悦子が眠る姫路へと向かうが、再び姫路に大地震が発生する。混乱から脱して、小野寺は玲子が待つ沼津に車を走らせるが、途中パトカーに連行されてしまう。小野寺が連れてこられた謎の屋敷には、田所、幸長教授、総理府の秘書官の中田、そして政財界の黒幕・渡老人が待ち受けていた…。(C)東宝

小野寺は田所と共にケルマディック号で南ヶ島に向かう。田所によると、この島は近いうちに沈没するというのだ。数百名の島民が騒ぎださないよう、田所は極秘に島の調査を進める。しかし、小野寺は島民を助けたい一心で、分教場の教師・矢島に島が沈むことを教えてしまう。翌日、矢島は一人で島を脱出。たちまち島はパニックに陥ってしまう。そのころ、吉村の計略で青年実業家の絹川との見合いをさせられていた玲子だったが、心は南ヶ島にいる小野寺にあった。予想より早く沈下を始める南ヶ島。慌てて避難する島民たち。全員避難したかに見えたが、小野寺は崩れた分教場に走る一人の少年に気づく…。(C)東宝