1974年秋、深海潜水艇「わだつみ」の操縦者・小野寺俊夫は、地球物理学者の田所博士の強引なオファーで、伊豆沖に潜った。 だが、その海底には不気味に蛇行する亀裂が横たわっていた。 恐るべきことの予感に蒼ざめる田所。 その直後、艇は強烈な直下型地震に見舞われた。 この地震で小野寺は、婚約者の悦子を死なせてしまう。 東京に戻った失意の小野寺の前に現れる財閥令嬢の阿部玲子。 一方、田所は今度は兵庫県・姫路地方の地震を予言。 そして数日後、姫路に大規模な地震が起こり、さらに太平洋上の島が一夜にして海底に没した。 日本列島沈没は、もう既に不気味に進行していたのだった…！！