九条櫻子（観月ありさ）は、日本に数名しかいない骨格標本を組み立てるプロの「標本士」。博物館や研究・教育機関からの依頼を受け、日々動物の骨格標本の組み立てを行っている。そんな櫻子が家政婦の“ばぁや”こと、沢梅（鷲尾真知子）と暮らす邸宅を、博物館の技術補佐員・館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）が訪れる。館長の杉森重男（渡辺憲吉）に命じられるままにやってきた正太郎は、ずんどう鍋をかき混ぜる初対面の櫻子にあいさつするが、スルーされる。とまどう正太郎を尻目に、櫻子は博物館から組み立てを依頼されていた骨を入れたトレイを手に戻ってくる。むき出しの骨に驚き、完全に逃げ腰になる正太郎に櫻子は、骨の発見場所を問いただし「そこへ案内しろ」と言い出す。博物館のスタッフ・志倉愛理（新川優愛）から場所を聞き、学芸員・磯崎齋（上川隆也）からは、珍しい草花の写真を撮ってくるように指示された正太郎は、櫻子の運転する車で骨の発見場所の山中へ。到着した先で見つけたのは、なんと人間の白骨死体だった。正太郎の通報で、刑事の山路輝彦（髙嶋政宏）と近藤卓也（細田善彦）、鑑識の新井隆太（田中聡元）らがやってくるが、遺体は完全に白骨化しているため、詳細は調べないと分からないと言う。ところが櫻子は、死亡推定時期、年齢、性別、利き手まで、スラスラと言い始める。驚く刑事たちに、何より気になるのが遺体の歯だと告げ・・・。

九条櫻子（観月ありさ）の邸宅に招かれ食事を終えた館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）は、立ち寄ったコンビニの前で幼い少女を見かける。深夜にも関わらず、少女はパジャマ姿、素足のままで、何を聞いても要領を得ない。親の姿もなく交番も遠いため、正太郎は山路輝彦（髙嶋政宏）に連絡を取ると、少女を連れてひとまず櫻子の邸宅へ戻る。その後、山路と近藤卓也（細田善彦）がやって来るが、少女は直前まで合コンをしていて酒臭い山路を嫌がり、なぜか櫻子になつく。櫻子は少女が過去に左手を骨折していたが、適切な処置がされていなかったことを見抜く。さらに、背中には引っかいたような跡も残っていた。翌日、櫻子と少女と出勤した正太郎は、磯崎齋（上川隆也）や志倉愛理（新川優愛）らに、身元が分かるまで少女をここに滞在させてほしいと頼む。少女は博物館の骨格コーナーを見て回ると、クジラの標本に目を輝かせる。櫻子は、クジラの巨体さえも一切の無駄なく支え動かすことのできる骨のすばらしさを説明。少女も興味を示す。その頃、近藤が少女の身元を突き止めた。正太郎は、櫻子、愛理とともに、柚胡香（吉澤梨里花）という少女の自宅へ向かうことに。正太郎は、山路らを待ったほうがいいのでは？と言うが、櫻子は呼び鈴を押す。返事はなく、ドアの側には鍵が落ちていた。不審に思った櫻子がドアノブを回すと開き、中からは異臭がした。驚く正太郎に、櫻子はこれは血のにおいだと言い・・・。

九条櫻子（観月ありさ）の高校時代の恩師・佐々木敦郎（モロ師岡）が急死し、遺品が櫻子に託された。生物の教師だった佐々木の遺品には多くの標本があり、櫻子はそれらを自然の森博物館に寄贈することにし、九条邸で仕分け作業が始まった。館長の杉森重男（渡辺憲吉）の指示で、館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）、磯崎齋（上川隆也）、谷上和裕（近藤公園）が参加した。遺品には珍しい骨格や植物の標本があり、櫻子と磯崎は目を輝かす。その頃、博物館で客を案内していた志倉愛理（新川優愛）を怪しい男が見つめていた。案内を終えた愛理がスタッフルームに戻ると、弁当の宅配スタッフ（長浜之人）が、大量の弁当を持って現れた。櫻子からの注文だと言うが、櫻子は身に覚えがない。その後も博物館に櫻子に対するクレームの電話やメールが殺到する。一方、櫻子らを手伝っていた正太郎は小さな棺（ひつぎ）のような箱を見つける。中には人骨と「玲子」という人物が書いた和歌が添えられていた。佐々木は生涯独身で、恋人がいた気配もない。なぜ人骨と女性からのメッセージを持っていたのか、櫻子は考えを巡らせる。やがて、到着した刑事の山路輝彦（髙嶋政宏）と近藤卓也（細田善彦）が捜査を始める。そんな時、博物館の愛理から電話が入り、怪しい男を捕まえたら「櫻子を出せ」と騒いでいると言う。男は入山勇人（浦上晟周）という高校生で、博物館に駆けつけた初対面の櫻子をにらみつける。

自然の森博物館に、オーナーの東藤（佐々木勝彦）とその娘で代表を務める千代田薔子（富田靖子）がやってきた。自分の死後、その骨を標本にして博物館に飾りたいと思う東藤が、参考にナウマンゾウの標本を見に来たのだ。薔子は、幼なじみの九条櫻子（観月ありさ）を呼び出すと、強引に父親を押し付ける。櫻子と骨格標本展示コーナーを見て歩いた東藤は、自分も骨を残し、功績とともに語り継がれたいとの思いを明かす。一方、館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）らを前にした薔子は、近々開かれる東藤の誕生会を盛り上げる有志を募っていた。磯崎齋（上川隆也）が逃げたため、正太郎、志倉愛理（新川優愛）、谷上和裕（近藤公園）が、櫻子とともに出席することになった。パーティー当日、東藤邸にやってきた櫻子らは、東藤と妻の君子（島かおり）、薔子ら5人の子供たちが集まったディナーに参加する。東藤は子供たちに明日、事業に関する計画のプレゼンをしろと命じた。その結果次第で遺産の配分を決めると言われた子供たちは、慌てて準備に取り掛かる。同じ頃、山路輝彦（髙嶋政宏）は、櫻子に渡したファイルの原本を見ていた。刑事課の係長は、それが山路が追い続けている弟の事件だと、近藤卓也（細田善彦）に明かした。そんな翌早朝、東藤が自室で死亡しているのが発見された。すると、子供たちはお互いを疑い、激しいののしり合いを始める・・・。

元教え子の圓一重（中村ゆりか）から、不審な電話を受けた磯崎齋（上川隆也）は一重の自宅へ駆けつける。娘の行方が分からないにも関わらず、一重の両親は警察に届けていなかった。翌日、磯崎は博物館に休暇届を出した。そんな折、館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）と志倉愛理（新川優愛）は、九条櫻子（観月ありさ）を訪ねる。1週間後に開かれるシンポジウムで、愛理が発表する資料の確認を、磯崎の代理でやってくれるよう頼むためだ。愛理の手土産が功を奏したのか、櫻子はしぶしぶ協力を承諾する。その夜、正太郎は街中で若い女性に一重の行方を聞いている磯崎を目撃し、声をかける。それに慌てた磯崎は、何でもないと言うと立ち去ってしまう。心配になった正太郎は、櫻子になら何か話してくれるのではと思い、櫻子に頼み込み、共に磯崎の自宅を訪ねる。櫻子と正太郎を部屋に通した磯崎は、とまどいながらも高校の教師をしていた頃の話を始める。当時、一重、西沢二葉（三浦透子）、津々見三奈美（山谷花純）という仲良しの女子生徒の担任をしていたが、ある日、二葉が失踪してしまう。警察と一緒になって探したが、結局二葉の行方は分からず、責任を感じた磯崎は、教師の職を辞した。それから5年が経った今、突然一重から電話が来たため、同じ過ちを繰り返したくない磯崎は必死に一重を探しているのだ。話を聞き終えた櫻子は自分を三奈美の家へ連れていけと言い・・・。

九条櫻子（観月ありさ）は、入院中の叔父・設楽の自宅へ行き、書斎に置かれていたノートを手に取る。それは、法医学者の設楽が担当した事件に関する手記だったが、山路輝彦（髙嶋政宏）の弟の事件に該当する月だけが抜けていた。その頃、山路は西沢二葉（三浦透子）を殺害した圓一重（中村ゆりか）を取り調べていた。事件の影に一重が付き合っていた男がいるとにらむ山路は、男のことを聞くが、一重は口を割らない。翌日、磯崎齋（上川隆也）が仕事復帰し、館脇正太郎（藤ヶ谷太輔）や志倉愛理（新川優愛）らは、さりげなく磯崎を元気づける。その夜、正太郎と愛理は、死体遺棄罪が時効だったため釈放された津々見三奈美（山谷花純）に会いに行く。事件を振り返った三奈美は、精神が不安定になった二葉が、死んでドロドロになったら、新しく生まれ変われる、と話していたと証言した。同じ頃、磯崎と面会していた一重も、自分は二葉が望んだ通り肉をドロドロにとかしてやっただけで、何も悪いことはしていない、と主張する。そんな折、正太郎と愛理は、九条家での夕食に招待される。いつも以上に豪華な食事が並び、愛理はテンションが上がる。沢梅（鷲尾真知子）は、今日は年に1度の記念日だと明かす。デザートのプリンを食べた正太郎は、それが亡くなった祖母が大好きだったプリンに似ていると話す。祖母との思い出を披露した正太郎に、櫻子は思いもよらないようなことを・・・。