核燃料再処理施設の壁に描かれた「VON」の文字。それが全ての始まりだった。そして夏、動画投稿サイトに謎めいたメッセージがアップされる。スピンクス1号・2号と名乗る二人は告げる。「新宿方面ではところによりでっかい火花があがるでしょう……」

都庁を襲った爆弾テロ。その騒動に巻き込まれたリサは、自分が会ったあの二人——ツエルブとナインが犯人と知り狼狽する。混乱する警視庁を尻目にスピンクス1号・2号の新たなメッセージ動画がアップされる。

スピンクス1号･2号を追うため、文書課の刑事･柴崎が捜査に加わることになった。2つの事件の周辺を洗う中、スピンクスが第三の標的を発表する。柴崎の推理は爆弾のありかを突き止めることができるか。

犯人の手がかりを追って核燃料再処理施設のある青森を訪れた柴崎。東京に戻った柴崎を待っていたかのようにスピンクスから新たな謎が発表された。一方、家出をしたリサの前にツエルブが姿を見せる。

ナインとツエルブのアジトにつれてこられたリサ。だが、リサの処遇をめぐってナインとツエルブの意見は合わない。スピンクスのハッキングで捜査情報を流出させられた警視庁のもとにアメリカからある人物がやってくる。

アメリカからやってきた少女ハイヴはスピンクスのテロの裏をかいてきた。ナインは、彼女が地下鉄のテロを妨害していたと直感する。ハイヴは自分たちを恨んでいるのか？と気に掛けるツエルブ。そんな中、スピンクスを名乗る何者かから、新たな犯行予告が届く。