北海道に住む兄弟・神威章と哀は、家宝を持ち出し売ろうとするが、父・権太郎がそれを阻止するため追いかけてくる。家宝のなかから古文書を手に入れた章たちは、神威家のお宝であるトライゼノンを手に入れる。

「ロボットには、秘密基地がつきものである!!」と言う権太郎は炭鉱を掘り続けていた。そして、トライゼノンが3機の飛行メカに分離し、権太郎の手により謎の戦艦・東雲が秘密基地として姿を現す。

自衛隊陸曹である華菜の姉・雨竜冴が母・良子を連れて現れる。冴は妹が神威家の知りあいであるという理由で神威家に派遣され、監視の任務を与えられていた。そして、良子は神威家の家事を一手に引き受ける。

オコゼノイド軍団が迫り、華菜と章のわだかまりが晴れた時、トライゼノンが再び合体する。トライゼノンが敵を薙ぎ払い、巨大ミサイルが迫るなか、秘密基地と思われていた戦艦・東雲がぼた山より浮上する。

東雲艦長争奪レースが開催！章、権太郎、冴は艦長の座をかけての勝負を始める。章たちがデッドヒートを展開させようとしている時、良子が自爆装置を起動してしまい、東雲は思わぬ危機に瀕していた。

ゼノ・パレスから空襲を受けた札幌を訪れる東雲一行。しかし、住民から手痛い歓迎を受けることとなる。トライゼノンのせいで攻撃を受けたと言う住民たちの迫害に章たちは怒り、住民との小競りあいを展開する。