新西暦2012年。人類の都市生活を支える巨大エネルギー“エネトロン”を狙うヴァグラスが現れた。駆けつけたブルーバスターのリュウジと、イエローバスターのヨーコに、ヴァグラスの戦闘員バグラーが襲い掛かる。2人は変身しバグラーを撃破。しかし、エンターと名乗る男は逃げてしまう。

病院で、エネトロンの異常消費反応と、敵メガゾードの転送反応が。ゴーバスターズが駆けつけるが、ヴァグラス反応はなく、人の出入りもない。不審に思った3人が院内に入ると、機械化された人間たちが襲ってきた。エンターの話によると、ヴァグラスは、エネトロンを奪うだけでなく、人間たちを苦しめ、支配し、命まで奪おうとしているようだ。

ゴーバスターズの今回の特命は、エネトロンタンクを破壊された地区へのエネトロン輸送トラックの護衛。案の定、輸送中のトラックを狙い、エンターはメタロイド“タイヤロイド”を出現させる。そこでトラックの護衛はヒロムに任せ、リュウジとヨーコはゴーバスターズに変身し、メタロイドに応戦することに。

ゴーバスターオーへの合体“コンバインオペレーション”の訓練が始まった。ゴーバスターオーはエネトロンを大量に使うため、長く合体していられない。そのため、戦闘から離脱せず、敵の攻撃を受けながらの合体となる。わずかな遅れが命取りになるのだ。ところが、パイロットとしてバツグンの腕を持つヒロムが、タイミングがつかめず失敗ばかり。