鬼丸と勝負するため、どうにかして気を引こうとする刃。全く相手にしない鬼丸だったが、ジャングルから刃を追いかけてきたハゲタカ・庄之助に、大事にしていた鳩小屋を荒らされたことによって、ついに喧嘩が勃発する。刃のでたらめな剣により屈辱を受けた鬼丸は、悔しさの勢い余って自宅の灯篭を破壊してしまう。すると偶然にも、地下室へ繋がる階段と、魔剣・風神剣を見付けるのだった。

刃の元に、今度は鬼丸が勝負を挑んできた。ツノが生え、普段と様子の異なる鬼丸に違和感を覚えるも、戦いに奮い立つ刃。しかし、風神剣を手に入れた鬼丸の力に圧倒され、己の弱さを自覚する。鬼丸に対抗するには、もう一つの魔剣である雷神剣が必要であることを、父・剣十郎から聞かされる。雷神剣を手に入れるため、現在の所有者であり400年前から生きているという剣豪・宮本武蔵に会いに天狗岳へと向かうのだった。

雷神剣を手に入れたものの、雷神の力に呑みこまれ、暴走してしまった刃。剣を自在に操れるようになるために、武蔵から修行を受ける。一方、鬼と化した鬼丸は儀式によって八鬼を生み出す。さらに国会議事堂を襲撃して日本を乗っ取ってしまう。そして、刃が持つ雷神剣も狙う鬼丸は、八鬼のカエル男とヘビ男を刃の元へ差し向けるのだった。

武蔵の因縁の相手であり、古の剣豪・佐々木小次郎が持っていた魔剣・物干し竿を調べるため、巌流島を目指す刃たち。しかし道中、鬼丸の手下・八鬼の内の一鬼である、ナメクジ男に襲われ疲労困憊。そんな中、立ち寄ったのは下呂温泉。怪しい番頭から百万人目の通行人だと持て囃され、よく分からないまま温泉旅館に招待されることに。温泉を楽しむ刃たちだったが、雷神剣を狙う新たな魔の手が忍び寄る…？

ナマコ男が加わり、再び巌流島へと目指す刃たち。その道中で名古屋を訪れた一行は、のん気に味噌串カツを堪能していた。その時、何者かの声が聞こえてくる。次の瞬間、さやかの串カツが無くなっていた。突如現れたバットガイと名乗る男に雷神剣を狙われる刃は、あまりの強さに防戦一方。すかさず助けに入った武蔵だったが、バットガイに首筋を噛まれてしまう。すると、武蔵の体に異変が起こる。