サムライの道を目指し、ジャングルで父の剣十郎と剣の修行をしていた鉄刃（クロガネヤイバ）。ある日、日本に帰国し剣十郎のライバル、峰雷蔵とその娘さやかの家に居候をすることに。さやかと同じ学校に通うことになったヤイバは、そこで宿命の敵となる鬼丸と出会い、勝負を挑む。
鬼丸との勝負が引き分けとなったヤイバ。打倒鬼丸！の闘志を燃やし、特訓を開始する。苦労の末“心眼”を会得したヤイバに全く歯が立たず、鬼丸は悔しさのあまり道場で暴れていたが、道場の床に何やら隠し階段があることを発見する。鬼丸が地下で見たものとは…。
家の地下に眠っていた「風神剣」の魔力に魅せられ、悪の化身と化してしまった鬼丸。追い詰められたヤイバは、風神剣に対抗する「雷神剣」があることを聞き、雷神剣を守って400年という怪老人、宮本武蔵がいる天狗岳へ向かう。
鬼丸は、風神の魔力により生み出した、手下の“八鬼”を引き連れ、国会議事堂を乗っ取り鬼丸城に変えてしまった。そして、ヤイバの元へカエル男を刺客として差し向けた。さやかをさらわれてしまったヤイバは、救出に向かうが、水中戦のため苦戦をする。
ヤイバたちは捕虜にしたカエル男、ゲロ左衛門と山小屋にいた。すると、彼らの元に、和服の美人が訪れて来た。異様におびえるゲロ左衛門。美人の正体は、鬼丸の刺客、ヘビ男であった。
一夜の宿を求めた山里で、農民に襲われたヤイバたち。長い間、天狗に扮して畑の食物を荒らしてきた武蔵の正体がばれていたのだ。必死で逃げるヤイバたちの前に、またしても鬼丸の手下、ナメクジ男が現れた！
