天神林ファミリーが経営しているロボットの開発会社「ぷかりんカンパニー」は、災害によって砂漠化してしまったパラダイス島の緑地化を依頼される。だが緑地化用のロボットを開発して島に向かった一家の前に、ドラゴン型の謎のロボットが立ち塞がる。その危機にゴウ、ケン、ランの三兄弟で編成された「セイバーキッズ」が、出撃した！

ゴウの発明した消防ロボットは自動操縦で街をパトロールし、火事を発見したら即消火という性能の良さですぐに大人気になった。鼻高々になるゴウだったが、一台の消防ロボットがスクラップ団に奪われてしまう。Dr.バグによって改造され現れた消防ロボットは、ビル街に起きた火事を次々に延焼させ……。

海洋牧場で飼育されていたクジラが突然消えてしまった。セイバーキッズは、ダイバーロボを使ってクジラが消えた原因究明に乗り出す。しかし調査に出たケンとランは、クジラ言語学者のラムーア博士と共に、謎の巨大なロボットに飲み込まれてしまう。そこで三人が見たのは、クジラたちを洗脳しようとしているDr.バグの姿だった。

常夏の国に人工スキー場を作るためにやってきたぷかりんカンパニー。スキー場のオーナー、Mr.ゴードンは大枚をはたいて手に入れたという宝石スターライトストーンをスキー場に展示するという。そんな中、最強のデストロイド製造を企むスクラップ団は、搭載するレーザー砲に利用するためにスターライトストーンの奪取を目論んでいた。

世界一美味しい水が流れるデリシャス川が、突然濁ってしまった。川の純化を依頼されたぷかりんカンパニーは、早速ゴウたちに水質汚濁の原因を調査させることに。水中に潜ったゴウは、そこでタコ型のデストロイドを発見。汚濁の元凶を知ったケンは川を沸騰させてデストロイドをユデダコにする作戦を思いつく。

ぷかりんカンパニーが開発を担当していた空中遊園地がとうとう完成した。ランは経営者の息子であるマックスと、開園前の遊園地でデートをすることに。ところが遊園地はスクラップ団に乗っ取られてしまい、ランや経営者たちを乗せたまま飛び上がってしまった。ゴウとケンは人質の救助に飛び立つ！