ついに嘆きの壁が崩れ去った。だが、先へと急ぐ星矢たちに、さらなる追撃の手が迫る。三人の冥闘士に立ち向かう紫龍。冥界三巨頭の最後の一人･ミーノスと対峙する氷河。二人が限界まで高めた小宇宙によって、究極の奥義が放たれる! 一方、壁の出口から広がる、未知の領域に驚愕する星矢たちは…。

嘆きの壁の出口、超次元の先を見据える一輝の背中に、パンドラが語りかけてくる。かつて一族をことごとく死滅させられ、星矢たちの熱き魂に触れて目を覚ました今、ハーデスの呪縛に捕われていたことに気付いたのだ。パンドラは一輝に寄り添い、ハーデスを倒して家族の仇を取ってくれと頼む。

星矢の前に現れたタナトスには、渾身のペガサス彗星拳すら無力だった。しかし、かすり傷を負ったタナトスは激昂し、星矢の眼前に一人の女性の姿を投影させる。記憶を失ったまま聖域近くで暮らしていた星矢の姉･星華だ。タナトスの攻撃から彼女を守っているのは、聖域の聖闘士たちだった。そして…。

遙か冥界より黄金の援軍を送り込んだのは、封印されたはずの海皇ポセイドンだった。僅かな間だけ甦った魂が、聖闘士たちに希望の光を届けたのだ。だが、黄金聖闘士たちの攻撃でさえも、タナトスにあえなく粉砕されてしまう。何もかも失ったかに思えたその時、人々の声が星矢の胸に響いてくる。

刻一刻と迫るアテナの死、そしてグレイテスト･エクリップス…。星矢はハーデス神殿を目指して走り、残る4人はヒュプノスを相手に死闘を繰り広げる。瀕死の聖闘士たちだったが、小宇宙は更に輝きを増してゆく。一方の星矢は、ハーデスの魂と捕われたアテナを前に、なす術もなく立ちすくんでいた。

長きに渡った戦いに終止符が打たれようとしていた。復活した冥王ハーデスは、自らアテナに止めを刺そうと手にした大剣を振りかざす。その斬撃を、身を盾にして受ける一輝と星矢。神聖衣を纏う5人の聖闘士は、力を結集させて決死の攻勢に転じる。だがグレイテスト･エクリップスは完成し、地上は闇に包まれてしまう。