人類がその制海権を失ってしまった世界。海を蹂躙する脅威、それが「深海棲艦」。その脅威に対抗できるのは、「艦娘」と呼ばれる在りし日の艦艇の魂を持つ娘たちだけ――。深海棲艦に対抗する艦隊の拠点、「鎮守府」。そこは、多種多彩な艦娘が集い、そして日々の演習などで切磋琢磨しながら、共同生活をする場所。その鎮守府にある日、一隻の艦娘が着任する。彼女は、特型駆逐艦――。その名を「吹雪」。吹雪の、そして艦娘たちの物語が、今始まります。