多くの国土を水没によって失ってしまった日本。 海上交通の発達により、海の安全を守る「ブルーマーメイド」がいつしか女生徒達の憧れの職業になっていった。 そんな「ブルーマーメイド」に憧れ、海洋高校に入学した岬 明乃（みさきあけの）は陽炎型航洋直接教育艦「晴風」の艦長に任命され、早速初の海洋実習に出発したのだが・・・。

初の海洋実習にて、反乱の汚名を着せられた晴風。 無実を証明するために、横須賀に向かう晴風の前にドイツからの留学生艦「アドミラルシュペー」が現れる。

晴風は、海上安全委員会の広域通信を傍受する。 その内容は、晴風が逸脱行為をしており、抵抗した場合は撃沈しても良いというものだった。 そんな中、学校への帰路を急ぐ晴風に水中より忍び寄る影が・・・。

物資の補給や艦の修理が終わり、出港までそれぞれの時間を楽しむ晴風の乗員たち。 全員が揃ったところでミーナの歓迎会をすることにしたが・・・。

武蔵を発見したものの、何もできないまま戦線から離れる晴風。 スキッパーで飛び出していった明乃が艦にもどると、艦の中では原因不明の電波障害が起こっていて・・・。