父の行方を探して江戸から京にやってきた少女･雪村千鶴 (若柳琴子) は、血を求める化け物に襲われそうになる。「羅刹」と呼ばれるその化け物を斬り伏せたのは、「人斬り集団」と恐れられる新選組の幹部たち――土方歳三 (崎山つばさ)、沖田総司 (金井成大)、斎藤一 (矢野聖人) だった。千鶴は新選組に身を置き、父･綱道を探すことになるが、ある日、父を見かけたという情報を得て向かった桝屋で騒動に巻き込まれてしまい――。

新選組屯所への襲撃計画を知った土方たちは、長州人を始めとする尊王攘夷派浪士が集う会合の場に踏み込むことを決める。会合場所は、四国屋か池田屋のいずれかだが、山崎烝 (永田崇人) ら監察の情報だけでは絞り切れない。やむなく、隊を二手に分けて出陣する新選組。近藤勇 (田中幸太朗) ら10名は池田屋、土方ら24名は四国屋に向かうが――。

山南敬助 (中林大樹) の命を受け、土方たちのもとへ伝令にひた走る千鶴。その頃、近藤たちは既に長州人を始めとする尊王攘夷派浪士が会合する宿――池田屋に踏み込んでいた。大人数相手に獅子奮迅の活躍を見せつつも、味方の援護を待ち続ける近藤たち――。池田屋での壮絶な戦いの中、沖田と藤堂平助 (福山康平) は、ただならぬ気配をまとった妖しげな二人の浪士に遭遇し、それぞれ一戦を交えるが――。

池田屋への討ち入りで、一夜にしてその名を揚げた新選組。近藤らが江戸で行った隊士募集に応じ、伊東甲子太郎 (東山龍平) が新選組に入隊する。近藤は伊東に心酔するが、他の隊士たちはそれぞれ複雑な思いを抱える。特に、総長でありながら剣客の道を絶たれていた山南は、伊東が参謀の座に就いたことでますます居場所を失くしてしまう。そんな山南を気に掛ける千鶴だが、ある日事態は思いもよらない展開に――。

綱道が残した資料を基に、密かに薬の改良を続けていた山南は、自ら薬を飲み人ならざる者へと変貌してしまう。土方は、山南に襲われた千鶴の傷が瞬く間に治癒するのを目にし、千鶴が羅刹ではないかと問いただすが――。山南の騒動もあり、新選組は西本願寺へと屯所を移転する。父親捜しを続ける千鶴だが、思うような手掛かりはいまだつかめぬまま。そんなある日、千鶴は偶然に沖田の秘密を耳にしてしまい――。

新選組内部で伊東派への不信感が強まる中、伊東に何も言わない土方に対し、永倉新八 (才川コージ) はいらだちを募らせていた。そのころ、京では制札を引き抜く事件が相次ぎ、新選組に制札警護の命が下る。原田左之助 (時任勇気) が制札を守り切った報奨金で、気の合う隊士らと飲みに繰り出す永倉だったが、意気揚々と向かった店にひとり待っていたのは土方だった――。一方伊東は、何者かと密会し、怪しい動きを見せ始める――。