天才科学者ディープ･マナブ (袴田吉彦) が、自ら開発した人工知能ゴッド･アイ･ジョーを使って、日本警察が手も足も出ない殺人犯“闇の行司”を捕まえると宣言した。引くに引けなくなった警視総監 (大和田伸也) は、責任を押しつけるべく専任捜査員に矢部 (生瀬勝久) を指名。そんな裏事情を知らない矢部は、意気揚々と闇の行司の目撃情報があった温泉地へと向かう。

人工知能より先に“闇の行司”の隠れ家を発見した矢部 (生瀬勝久) は、次も先手が打てるように、秋葉 (池田鉄洋) に人工知能の監視を指示。しかし、ある出来事から矢部と秋葉の関係に深い亀裂が入ってしまう。そんな中、宿の中に設置された“UED-A”という実験装置をめぐり、矢部が絶体絶命の窮地に陥ってしまう。さらに、宿の浴場で新たな殺人事件が発生して…!?

矢部 (生瀬勝久) と秋葉 (池田鉄洋) の関係が決裂する中、運送業者の上杉 (中村祐志) が殺害される第2の事件が発生! さっそく人工知能で現場の状況を分析し始めるDマナブ (袴田吉彦) に対して、矢部は捜査を進めるでもなく余裕の態度。ところが翌日、“闇の行司”が書き残したメッセージが見つかると事態は急変。“第3の死者”と予告されたのは、何と矢部自身だった!