国の治安や国家体制を脅かす事件に立ち向かう警視庁公安部。現在は、大規模な爆弾テロを計画している地下組織“狼の旅団”を、総力を挙げて追っており、懸命な潜入捜査の甲斐もあって一味を一網打尽に取り押さえた。…かに思われたが、レッドウルフと呼ばれる組織のリーダーを取り逃がし、「同志を24時間以内に解放しなければ、新型爆弾を都内で爆発させる」との脅迫を受ける。

警視庁公安部に、旧ソ連軍が開発したという新型ウイルス『皇帝の鼻血』が日本に密輸されるという情報が入った。調べによると、最近急速に勢力を拡大している暴力団が、ロシアのマフィアからウイルスを買い付け、それをテロリストに転売することで巨額の資金を得ようとしているらしい。取引を水際で防ぐためには、問題の暴力団に入り込み、内部情報を聞き出す必要がある。矢部は、その極秘任務を任され…というより押し付けられ、伝説の殺し屋･アベケンこと阿部研二に成りすまして潜入捜査を開始する。

何者かによって科学研究所の輸送車が襲われ、新型神経ガスが奪われた。そのガスは、半径2キロ圏内の人間を完全に無力化する威力があるといい、犯人グループは「ばら撒かれたくなかったら実力で阻止してみろ」と警察を挑発。対戦相手として、警視庁で最も優秀な人材を捜査にあたらせるよう指示してきた。矢部は、その極秘任務を任され…というより体よく押し付けられ、犯人との直接対決に臨むことに。

キャバ嬢にモテようと必死な大村が、贈賄容疑のかかった建設会社に捜査二課が強制捜査に入るという情報を漏らしてしまった。同席していた矢部はさすがにまずいと思ったが、楽しさにかまけて深く考えなかった。ところが数日後、矢部と大村は、警視総監や菊池ら警視庁上層部に呼び出される。捜査二課が問題の建設会社に強制捜査に入ったのだが、事前に証拠を処分されていたため、空振りに終わったというのだ。矢部と大村は青ざめるが、総監から告げられたのは、捜査二課で陣頭指揮を執っていた七隈警部補と共に、情報をリークした人間を割り出せという内偵調査の指令だった。

『瞼乃母』と名乗る怪しげな団体が、警視総監を暗殺しようとしているという情報がもたらされた。瞼乃母は以前、その母体となった団体が警察の捜査で解散に追い込まれた経緯があり、逆恨みが動機ではないかと推察された。しかし、暗殺計画を密告した元信奉者は、不審な死を遂げており真相は不明。それを受け、公安課で総監を厳重に警護することになった。そんな中、矢部は総監が招かれていた恩人の三回忌に、身代わりで出席することになる。

会の参加者たちが、次は自分が狙われるのではないかと恐怖心を募らせる中、次の殺人を示唆していると思われる『罪状 虚言』と書かれた紙が見つかる。しかし、その紙を仕込むことができたのは、会の参加者だけだと花枝が気づいたことから、犯人は生き残っている人物の中にいると判明。矢部は、その推理を自分で思いついたかのように語り、現場の状況から一人の人物を犯人として名指しする。ところが、その行動がさらなる殺人事件の引き金となり…!?