狂気の天才科学者・ドクターマンが作り出したメカ人間による新帝国ギアによる侵略が始まった。その頃、謎の巨大ロボ・バイオロボがバイオ粒子を持った5人の若者を集めていた。

500年の時を越えた絆で結ばれたバイオロボと5人の若者。宇宙一美しい地球を守るため、真の勇者となる誓いを立てた。そして新帝国ギアの総統・ドクターマンの侵略を食い止めるために立ち上がる。

ドクターマン率いる破壊工作員・メカ人間。そのメカ人間が不可解な行動に出る。街の人々の様子もおかしく、これは彼らが何かをたくらんでいるようだ。

現在のネズミ小僧・ゴールデンボスが現れた。人間はお金によって良心を奪われるとにらんだギアが街に小判をばら撒いた。これで混乱を招こうというのだ。そこで高杉がチンピラに扮してある行動に出る。

ファラが毒ガス噴出作戦をたくらんでいた。しかし、それはわなで、総統・ドクターマンの邪悪な計画は別にあった。何とバイオロボがはりつけに逢ってしまう。そこで、バイオエネルギーをチャージして...。