1944年、ブリタニア。人類は、ネウロイと呼ばれる謎の存在との長き戦いの中にあった。ブリタニアの片田舎から列車に揺られ、はるばるロンドンへやってきたジニーは、ミラーシャといのりという名の少女たちと出会う。そして、自分が連れているモフィが、ウイッチにしか見えない「使い魔」であることを知って驚くのだった。その頃、侵攻の脅威にさらされる人々を音楽の力で支えるべく、小さな音楽隊を指揮していたグレイス少佐は、さらなる活動の必要性を本部に訴えていた。

街で偶然耳にした歌声から新しい音楽隊のかたちをひらめいたグレイスは、新規隊員を募集する。だが、面接にやってきたのは、それぞれの部隊で居場所をなくした“ポンコツ”ウイッチばかり。そんな中、いのりは自分自身ではなく、どこいるとも知れないジニーを推薦に来ていた。あの日「気分が落ち込んだときには、歌うと良いよ」と、美しい歌声を聞かせてくれた少女にもう一度会いたい……。いのりの願いは届くのだろうか？

みんなの協力によってジニーが合流し、音楽隊の宿舎生活が始まった。さっそく、先輩であるアイラとエリーのもと、さまざまな訓練が繰り広げられていく。だが、ストライカーを装着した飛行訓練中、アイラの指導についていけないマリアが気を失ってしまう。晴れてブリタニア空軍に入隊したジニーが帰ってくるも、気まずい空気が流れていて……。そんな中、エリーは人前に出る訓練として、村の広場での練習を提案する。

最初は「戦わないウィッチ」に怪訝な目を向けていた村の大人たちからも理解が得られた音楽隊は、ちゃんとした歌を聴いてもらおうと、お披露目コンサートを計画。衣装、ダンス、楽曲制作と、それぞれに担当を割り振り、その日を目指す。ペアでの作業や練習を通して、お互いのことを少しずつ知っていく仲間たち。音楽隊、はじめの一歩となるステージの行方は？

「わたしたちは、連盟空軍航空魔法音楽隊、ルミナスウィッチーズです！」。村でのステージを成功させた彼女たちのもとへ、ワールドツアーが承認されたことが伝えられる。世界を回って、戦いに疲れた人々に希望とやすらぎの“光”を届けるのだ。記念すべき最初の訪問国は、ロマーニャ。だが、帰郷となるシルヴィはなぜか浮かない顔で……。

ロマーニャを始まりにステージを重ね、休暇を兼ねたトランジットでギリシアに逗留するルミナス。マリアは、さらなるパフォーマンスの向上を目指し、飛行中のシールドを演目に取り込むことを提案する。だが、地上での練習にこだわるマリアに対し、もっとストライカーで飛び回りたいマナが反発し、2人は衝突してしまう。高い理想を描くマリア。しかし、そこには、誰にも打ち明けられない葛藤があって……。