かつては天才ヴァイオリン少女と呼ばれていた高校2年生の小日向かなでは幼馴染の如月律から自身が出演する演奏会に誘われ、律の弟･如月響也とともに横浜へと足を運ぶ。久々に会った律に、かなでと響也は「俺の元に来い」と言われて…。

星奏学院に転校し、オーケストラ部に所属することになったかなでと響也は、部長である律から全国学生音楽コンクールの選抜メンバーにするという発表に驚く。それ以上に他の部員たちが反発、特に1年ながらメンバーに選ばれたチェロの水嶋悠人は実力がわからない人とアンサンブルを組むことに納得がいかず、選抜試験をすることに。急なことが続いて混乱し悩むかなでの前に、チェロを投げ捨てようとする見知らぬ少年がいて…。

ハルの幼馴染である七海宗介が室内学部へと戻る決意をし、天音学園を訪れることになったかなでたちは、室内楽部部長の冥加玲士と出会う。かなでのことを知っているような様子だが、かなでには記憶が無くその様子にとまどう。そして、同じく天音学園のピアニストでミステリアスな天宮静は、かなでに対して「君に恋をしてみることにしたよ」と告げ、かなでを横浜の街へデートに誘う。

全国学生音楽コンクールが近づいてきた。かなでたちが暮らす菩提樹寮に、仙台の至誠館高校吹奏楽部の部員たちがやってくる。強面の火積、明るく元気な水嶋、そんな彼らをまとめる部長の八木沢と出会う。星奏学院メンバーもコンクールに向けて練習に励む中、同じように横浜に来ていた神南高校管弦楽部の部長･東金と副部長･土岐に遭遇する。東金はかなでの演奏を聞いて「お前の演奏には花がないと」言って…。

いよいよ始まった全国学生音楽コンクール。サードステージで対戦することになったのは、何と至誠館高校だった。菩提樹寮で楽しい時間を過ごしてきた至誠館高校のメンバーと戦うことに、セカンドヴァイオリンに選ばれたかなでは苦悩する。一方、至誠館高校はこのコンクールにすべてをささげる覚悟でステージに立つ。負けられない戦いに、至誠館高校渾身の演奏が響き渡る。

至誠館高校渾身の演奏に圧倒されたかなでは、不安定な気持ちのままサードステージの舞台に立つ。自分たちの勝利が至誠館高校吹奏楽部の廃部に繋がるという迷いが、かなでの演奏にもあらわれてしまう。危機的状況に陥る星奏学院アンサンブルだが、律が悲壮なまでの決意の中、自らの音でメンバーを高みへと導いていく。だが、律にはかなでや響也たちに秘密にしている事があって…。