銀河道路交通法違反で逮捕されてしまった強化人間のチハルとサイボーグのマキナ。ふたりに課せられたのは惑星間走行列車・通称ミルキー☆サブウェイの清掃作業。簡単な任務のはずだったのだが……。

服役プログラムとして列車の清掃作業をすることになったチハルとマキナ。同じプログラムに参加するチハルとマキナ以外の4人も渋々列車に乗り込むが…。

6人を乗せて急発進してしまった“ミルキー☆サブウェイ”。時は遡り、逮捕直後のマキナとチハルは取り調べを受けていた。警察官のリョーコとの会話の中で二人の問題点が見えてくる。

暴走を続ける列車を止めるため先頭車両へ向かうチハルとマキナ。閉ざされた車内で、ふたりは暴走族のアカネとカナタに出会う。不安定な関係のまま行動を共にすることに。たどり着いた車両は、食堂車のようで…。