強大な力を秘める「賢者の石」を求めて旅するエルリック兄弟。15歳の兄・エドワードは、史上最年少で国家錬金術師の資格を得た天才錬金術師。弟のアルフォンスは、外見は屈強な鎧姿だが、心優しい14歳の少年である。東部辺境の町リオールにやってきた2人は、レト教の教主・コーネロの「奇跡の御業」を目撃する。

旅の途中立ち寄った街角の古本屋で、錬金術の入門書をみつけるエドとアル。昔、それを使って勉強していたときの頃のことを思い出す。それはまだ2人が幼い時、故郷リゼンブール村で暮らしていた頃のことだった。彼らは、お母さんの喜んだ顔がみたい、その一心で、競って錬金術にのめりこんでいった……。

国家錬金術師になるためセントラルに向うエドとアル。間もなく到着するとマスタング中佐に報告の電話を入れた所、突然！次の列車に乗れと命じられ、どうにか乗り込んだ2人。なんと、その列車には家族と旅行中のハクロ将軍が乗っていた……。